Wide Isolation window를 이용한 CHIMERYS 분석

CHIMERYS를 이용한 데이타분석에서의  큰 장점은 아마 한개의 spectrum에서 2개이 상의 펩타이드를 검출해낼수 있는 기능입니다. 그러므로 동일한 raw파일을 사용하더라도 CHIMERYS에서 더 많은 단백질을 검출할수 있는 이유중 하나입니다. 한개 이상의 펩타이드에 의해서 생성된 MS2 스펙트럼에서 각각의 펩타이드를 구분해낼수 있는 기능이 있습니다.  CHIMERYS사용시 넓은  Isolation window를 사용할 경우 기존방법에 비해서 더 많은 펩타이드를 검출할수있는 논문이나 자료등이 있습니다.

 

PowerPoint Presentation (thermofisher.com)

Data-Dependent Acquisition with Precursor Coisolation Improves Proteome Coverage and Measurement Throughput for Label-Free Single-Cell Proteomics (biorxiv.org)

 

특히 Label-free Quantitation시 유용합니다. 마치 유사 DIA와 같은 것 같네. DDA방법시 일부러 isolation window를 넓게 하는것이 얼마나 좋을지의문이긴 합니다.  . MS2 Spectrum이 복잡해지기 때문에 DIA처럼 OTIT보다는 OTOT방법이 더 적합할것이라 생각합니다.

 

아래는 100ng HeLa를 이용하여 OTIT(1.6 Da), OTOT(1.6 Da), OTOT (4 Da)에서 1hr LC gradient로 얻어진 raw파일을 CHIMERY로 분석한 결과입니다. 비교를 위해서 SEQEUST HT로도 분석하였습니다.

 

아래는 CHIMERYS와 SEQUEST HT에서 분석한 각각의 결과입니다. 아무래도 OTIT분석에서 더 많은 단백질과 펩타이드가 검출이 됩니다. OTOT를 비교해보면 CHIMERY에서 분석하였을때 1.6 Da보다는 4.0 Da isolation을 분석한 결과에서  약간 더 많은 단백질과 펩타이드가 검출이 되었습니다. 특히 PSM숫자가 훨등히 높습니다.

 

 SEQUEST HT에서 분석했을때는 CHIMERY에서 보인 경향이 보이지 않습니다. 오히려 4.0 Da isolation의 결과에서 조금더 적은 수가 검출이 되었습니다.

이 결과를 통해서 CHIMERYS가 복잡한 MS2 Spectrum에서 여러개의 펩타이드를 검출할수 있음을 알수 있습니다.

DIA와 같이 아주 넓은 isolation window에서도 가능한지 궁금합니다. DIA를 대체할수 있는 기능이 될지도 지켜봐야 겠네요 

 

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