Histone H4 tri-acetylation isobaric peptides

많아도 너무 많은 Histone PTMs. 검출하기는 쉬워도 검증하기가 쉽지 않습니다.

하나의 펩타이드에 여러 아미노산 자리에 분포되어 있기고 하고 tri-methylation 과 acetylation의 분자량은 거의 유사해서 구분하기도 어렵습니다.

 

최근에,  Histone H4의 펩타이드의 서로 다른 자리에  3개의 acetylation이 붙어 있는 펩타이들이 분리되는것을 확인했습니다. MS2로 구분할 수는 있지만 완벽하게 확인하는것이 쉽지 않네요

 

Tri-methylation과 acetylation 의 경우 분자량에 차이가 거의 없지만(42.0495 Da: Tri-methyl 42.0105 Da:  Acetyl),  acetylation의 경우 MS2에 특정한 이온(m/z 126.0912)이 보입니다. 이것을 이용하면 검증을 할수 있습니다. 하지만 Skyline에서는  peptide가 아닌 이온은 선택이 안되기 때문에 (방법을 찾고 있는중), 두 펩타이드를 구분하지 못합니다. 

그래서 Skyline에서 자동적으로 찾기는 어려울듯합니다.  126.0912 이온을 transition ion 리스트에 넣을수 있으면 좋겠네요.  아시는 분은 알려주세요