PRM에서 tagert peptide 의 최적 FAIMS CV값 찾기

 

개인적으로 FAIMS의 장점을 최대한 활용하려고 합니다. 물론 단점도 있습니다. 한 번의 분석에서 사용할 수 있는 CV 값의 수가 제한적이고, CV 값이 바뀔 때 걸리는 시간(아주 짧은 시간이지만)도 감도에 영향을 줄 수 있습니다.

 

PRM 분석에서는 조금 더 까다롭습니다.
검출하려는 펩타이드가 어느 CV 값에서 가장 잘 검출되는지 하나씩 확인해야 합니다. 타깃 펩타이드 수가 많아질수록 이 과정은 더 번거로워집니다.

 

가장 간단한 방법은 서로 다른 CV 값을 사용하여 Full Scan을 수행하고, MS1 peak intensity를 비교하는 것입니다. 각 CV 값마다 method를 따로 만들 수도 있지만, 작업이 번거롭고 시간도 많이 소요됩니다. 그래서 하나의 method 안에 여러 CV 값을 넣어서 확인하는 방식을 사용합니다.

 

일반적인 펩타이드는 -70 V에서 -40 V 사이에서 10 V 또는 5 V 간격으로 설정합니다. 경우에 따라서는 -90 V부터 시작하기도 합니다. Eclipse에서는 Scanning 기능을 이용하면 쉽게 설정할 수 있습니다. 예를 들어, -90 V에서 -40 V까지 5 V 간격으로 설정하면 총 11번의 scan이 이루어집니다.

 

 

 

분석하고 나서 Freestyle에서  각 CV값에서 해당 펩타이드의 m/z값을 이용하여 Extraction ion chromatogram을 만들어서 intensity를 확인합니다. 약간 수작업입니다.

 

 

Scan speed가 충분하지 않거나 LC peak 폭이 매우 좁은 경우에는 data point가 부족해질 수 있습니다. 이럴 때는 Resolution이나 AGC 값을 기본값보다 낮춰 사용하는 것이 도움이 됩니다. Synthetic peptide를 사용하는 경우에는 감도가 충분하기 때문에 큰 문제가 되지 않습니다.

 

또한 Eclipse에서는 Orbitrap 대신 Ion Trap을 사용할 수 있는데, Ion Trap은 scan speed가 빠르기 때문에 data point 확보에 유리합니다.

 

저는 보통 10분 정도의 짧은 LC gradient로 method를 만들어 두고 다양한 target peptide에 사용합니다. Full scan range를 넓게 설정해 두면 하나의 method로 계속 다양한 target peptide들에 사용할 수 있습니다.