Northestern May Institute 웍샵

https://computationalproteomics.khoury.northeastern.edu/

보스턴에 있는 Northeastern University의 May Institute에서 주최한 워크샵에 참석하였습니다.

이번 워크샵에서는 하루 과정의 FragPipe 과정과 이틀 과정의 Python 과정을 신청했습니다.

FragPipe 과정

FragPipe는 현재 제가 주로 사용하는 프로그램은 아닙니다. 하지만 Proteome Discoverer나 Spectronaut에서 검색이 잘 되지 않는 경우, FragPipe를 추가적인 분석 도구로 활용할 수 있을 것 같아 관심을 가지고 있었습니다.

FragPipe의 장점은 다양한 application을 지원한다는 점입니다. 특히 Proteome Discoverer나 Spectronaut에서 standard search 방법으로는 분석이 쉽지 않은 경우에 유용할 수 있습니다. 대표적인 예가 glycopeptide 분석입니다.

예전에도 FragPipe를 설치하고 검색을 시도해 본 적이 있었습니다. 하지만 당시에는 설치 과정이나 search 과정에서 에러가 자주 발생해서 결국 사용을 중단했었습니다. 그런데 이번 워크숍을 통해 다시 살펴보니, 이제는 프로그램이 훨씬 안정적으로 작동하는 것 같았습니다. 물론 parameter를 설정하는 tab이 많아서 처음 보면 복잡해 보일 수 있습니다. 하지만 자체적으로 제공되는 workflow를 선택해서 사용하면, 세부적인 설정을 모두 하나씩 조정하지 않아도 기본적인 분석은 충분히 진행할 수 있어 보였습니다.

Python 과정

Python 과정은 사실 ChatGPT를 더 잘 사용하기 위한 목적이 더 컸습니다. 현재 제 수준에서는 ChatGPT가 필요한 Python code를 거의 다 만들어 줍니다. 하지만 ChatGPT가 만들어 준 code를 정도 이해하면 좋겠다고 생각했습니다. 강의를 따라가기가 쉽지 않았는데. 중간중간에 막히면 ChatGPT한테 물어보니 잘 설명해 줬습니다. ㅎ.

결론은 그냥 ChatGPT에게 맡기는 게 나을 것 같습니다.

 

미국에서 영어로 통계 수업을 듣기는 처음이네요. Olga가 열심히 통계를 가르치고 있습니다.