통계4 Volcano plot 프로그램 통계프로그램이나 통계에 대해서 잘 모르는 저같은 사람은 이렇게 데이타만 업로드하면 자동으로 그래프가 나오는 프로그램이 좋습니다. 따로 프로그램은 설치하여 최적화할 필요가 없지요. Volcano plot은 아마 서로 다른 조건에서의 상대적인 단백질 정량결과를 보여줄때 가장 많이 쓰이는것중 하나일것 같습니다. 아래 사이트에서 사용하면 됩니다 https://paolo.shinyapps.io/ShinyVolcanoPlot/ Volcano Plot paolo.shinyapps.io 관련글 SeeMS- 매칭된 MS2 스펙트럼 생성 프로그램 GiaPronto: 한번 클릭으로 간단한 통계분석을 수행할수 있는 프로그램 BoxPlotR: a web-tool for generation of box plots ESTIMATI.. 2021. 8. 31. ESTIMATION STATISTICS 서로 다른 조건에서 반복실험한 결과에 대한 비교는 다양한 그래프로 나타낼수 있습니다. 우리가 잘 아는 bar 그래프가 대표적입니다. 하지만 이러한 Bar 그래프는 실험의 결과를 제대로 나타내주는 그래프가 아닙니다. Boxplot 이나 scatter plot 등도 종종 잘못사용되는 경우가 있습니다. 통계분석 전문가가 아니라서 자세히는 모르지만 데이타를 표현할때 결과를 적절히 반영할수 있는 그래프를 사용해야 되는것 같습니다. P 값에 대한 문제점도 많이 지적되어오고 있는 것같습니다. http://www.estimationstats.com Estimation Stats www.estimationstats.com 이 프로그램은 대표적으로 잘못사용되고 있는 bar, boxplot, scatter plot를 예를 .. 2021. 8. 31. GiaPronto: 한번 클릭으로 간단한 통계분석을 수행할수 있는 프로그램 이 프로그램은 같은 실험실에 있었던 학생이 만든것입니다. 사용하고 있는 프로그램을 통해 얻어진 정량분석결과를 간단한 방법으로 추가적인 통계분석하여 결과를 도출하기 위한 프로그램입니다. Label-free 혹은 TMT분석법으로 얻어진 결과는 Proteome Discoverer나 Maxquant와 같은 프로그램으로 상대적인 정량값을 도출합니다. 여기서 얻어진 정량값들은 단백질 정량을 위해서 검색프로그램을 통해 얻어진 결과는 그 자체로 바로 사용해도 됩니다. 하지만 추가적인 통계분석을 통해서 더 정확한 결과값을 얻을수 있습니다. 생물정보학을 하는 사람이 있을 경우 이 분석이 가능하지만 그렇지 않은 경우 추가적인 작업은 쉽지 않은 일입니다. 이 프로그램은 추가적인 정량분석과 데이타 시각화를 위해서 사용자가 쉽게.. 2021. 8. 30. 연구를 위해 얼마만큼의 시료수가 필요한가? (검증력 분석, Power Analysis) 나의 연구분석을 위해서는 도대체 몇명의 환자의 시료가 필요할것인가? 많을수록 좋습니다. 하지만 환자 시료의 경우 무한정 수를 늘리는 것은 현실적으로 불가능합니다. 필요없이 많이 확보하는것도 윤리적인 문제가 될수 있습니다. 물론 시료수가 적게 되면 적절한 통계분석이 어렵게 됩니다. 보통 Grants를 쓰거나 publication을 할때 요구되는 최소한의 시료수가 있습니다. 보통 시료의 수가 30개 이상이 되면 정규분포도가 형성합니다. 그래서 이 정도의 시료 수이면 대체적으로 만족합니다. 하지만 실험에 따라 30명의 환자의 시료를 구하는것이 쉽지 않을 때도 있습니다. 의미있는 결과를 도출하기 위해 필요한 가장 최소의 시료수를 사용한다면 가장 좋을 것입니다. 하지만 어떻게 이 숫자를 결정할 할수 있을까요? 검.. 2020. 5. 23. 이전 1 다음
