FAIMS5 TMT11 시료에서 hpRP 분획과 & FAIMS Gas-Phase Fractionation 앞의 글에서 FAIMS를 이용한 Gas-Phase fractionation의 유용성 확인해보았습니다. 물리적인 분획이 필요가 없다는 장점이 있습니다. FAIMS를 이용한 Gas-Phase Fractionation (tistory.com) 이번에는 TMT 시료에 대해서 stage-tip high pH fractionation과 FAIMS의 GPF 방법에서 각각 어떤 결과가 나오는지 확인해보았습니다. 100 µg의 TMT11 시료를 11개의 hPRP로 분획하여 분석한것과 9개의 서로다른 FAIMS 값으로 분석한결과를 비교해보았습니다. 두 방법에서 모두 FAIMS를 장착하였습니다. 아래는 각각의 방법에서 얻어진 크로마토그램입니다. 아래는 각각의 방법에서 검출된 단백질과 펩타이드수입니다. 예상과는 달린 hPRP.. 2022. 8. 10. Single Charge background peak들이 보기싫다면(Feat. FAIMS) LC-MS/MS 분석에서 피할수 없는 대표적인 background peak들을 FAIMS에서 쉽게 제거할수 있습니다. 아래에서 보듯이 대략 -45V에서 일반적인 background peak들이 완전히 제거되었습니다. 보기 싫은 background peak이 있다면 -45V 이상에서 사용하면 좋습니다. 물론 원하는 펩타이드가 같이 제거된다면 안되겠지만요. Background peak들 안녕~. 2022. 6. 18. Sutter instrument P-2000/F laser puller protocol Nano capillary column을 만드는데 있어서 이전에 사용하던 프로그램이 새 장비에 적절치 않다는것을 알게 되었습니다. 아마 laser의 강도가 다르기 때문일듯합니다. 이것저것 해보다가 혹시나 하고 업체에 연락을 하니 Protocol을 보내주었네요. 먼저 이 방법대로 시작해서 추가적으로 최적화 하면 될듯합니다. 2022. 5. 27. DIA experiments with noFAIMS vs FAIMS? 이전글에 FAIMS를 이용한 DIA 분석에 대해서 간단히 설명하였습니다. 언급했듯이 FAIMS를 이용한 DIA에서는 각 CV값별로 분석시간이 요구됨으로 Cycle time 관점에서 보면 단점이 있습니다. 하지만 반대로 complexity를 줄여서 감도를 향상시키는 장점이 있습니다. 둘 중에 효과가 큰것에 따라 장점이 될수 있고 단점이 될수 있을 듯합니다. 앞으로의 DIA분석에서 FAIMS를 사용해도 될지 결정하기 위해서 간단히 비교실험을 해보았습니다. Promega사의 K562 를 tryptic digestion후 2ug을 각각 3번 주입하였습니다. No FAIMS와 FAIMS에서의 질량분석기 파라미터는 기존의 실험에서 최적화한것을 각각 사용하였습니다. 모두 8 data-points 이상을 가지는 조건으.. 2022. 5. 27. FAIMS를 이용한 DIA분석에서 고려해야 될것들 DIA의 목적은 분획하지 않고 최대한 많은 단백질/펩타이드를 검출하는것과 더불와 높은 정량성을 얻기 위함입니다. 그러므로 FAIMS를 이용한 DIA분석조건을 최적화하기 위해서는 단백질/펩타이드의 수의 증가와 함께 정량성을 반드시 고려해야 됩니다. FAIMS의 경우 CV값별로 DIA를 수행해야 함으로 FAIMS가 없는 상태에서 하는것보다는 한 Cycle을 완료하는데 더 시간이 많이 소요됩니다. Data Point 정량성을 고려할때 체크해야할 것중에 하나가 Data point입니다. 보통 8~10 point가 되면 좋습니다. Isolation window값이 적어질수록 그리고 CV값의 수가 증가될수록 검출되는data point는 줄어들게 됩니다. Qualbrowser 에서 DIA data point 수 확인.. 2022. 5. 25. 이전 1 다음
