PTM3 N-terminal glutamine (Q) 과 glutamic acid (E)의 pyroglutamate Modification N-terminal pyroglutamate(pE) 형태는 일반적으로 monoclonal antibodies의 공정에서나 혹은 저장과정에서 자주 발생하는 PTM중 하나입니다. N-terminal glutamine (Q) 과 glutamic acid (E) 가 pyroglutamate 형태로 바뀌게 됩니다. 이 과정에서 분자량은 아래와 같이 줄어들게 됩니다. 일반적인 PTM 의 경우 분자량이 증가하지만 이것은 감소합니다. Glu(E)->pyro-Glu : -18.0153 Da Gln(Q)->Pyro-Glu : -17.0265 Da Proteome Discoverer에서 N-terminal pyroglutamate modification 설정 Proteome Discoverer에서는 해당 PTM이 존재함으로.. 2021. 8. 18. Acetyl 과 Trimethyl isobaric Histone peptides 분석 Histone PTM 분석에 있어서 까다로운 isobaric 중 하나는 Acety (+42.011 Da) 과 Trimethyl (+42.047 Da)그룹이 결합한 Isobaric form 입니다. 이 두개의 분자량은 약 0.03 Da 밖에 차이가 나지 않습니다. 이번에는 두 그룹이 각각 결합한 KQLATKAAR 의 isobaric form을 통해 분석해보았습니다. 이전글] Histone 의 Isobaric PTM Peptides 분석하기 Target Peptides K[Acetyl+Propionyl]STGGK[Propionyl]APR, m/z 528.2958 (2+) K[Trimetyl+Propionyl]STGGK[Propionyl]APR, m/z 528.3140 (2+) Skyline Template .. 2020. 12. 29. Histone 의 Isobaric PTM Peptides 분석하기 histone의 modificaiton을 분석은 다른 단백질 분석과는 다르게 상당히 어렵습니다. 그 이유중 하나는 Acetylation과 Methylation이 결합하는 Lysine이 많이 분포되어 있기 때문입니다. 즉 동일한 펩타이드임에도 서로 다른 위치에 PTM이 되어 있는 Isobaric form이 많이 존재합니다. 결합한 위치는 다르지만 전체 m/z값은 동일하며 retention time의 경우도 동일하거나 거의 유사합니다. 또한 MS/MS 의 product ion들도 겹치게 되어 일단 기존의 방법으로 명확한 분석이 어렵습니다. Human Histone 시료를 통해 설명해보겠습니다. 대표적인 Isobaric PTM 펩타이드인 H3의 KQLATKAAR를 예를 들어보겠습니다. Propionylatio.. 2020. 12. 26. 이전 1 다음
