Statistics5 Volcano plot 프로그램 통계프로그램이나 통계에 대해서 잘 모르는 저같은 사람은 이렇게 데이타만 업로드하면 자동으로 그래프가 나오는 프로그램이 좋습니다. 따로 프로그램은 설치하여 최적화할 필요가 없지요. Volcano plot은 아마 서로 다른 조건에서의 상대적인 단백질 정량결과를 보여줄때 가장 많이 쓰이는것중 하나일것 같습니다. 아래 사이트에서 사용하면 됩니다 https://paolo.shinyapps.io/ShinyVolcanoPlot/ Volcano Plot paolo.shinyapps.io 관련글 SeeMS- 매칭된 MS2 스펙트럼 생성 프로그램 GiaPronto: 한번 클릭으로 간단한 통계분석을 수행할수 있는 프로그램 BoxPlotR: a web-tool for generation of box plots ESTIMATI.. 2021. 8. 31. ESTIMATION STATISTICS 서로 다른 조건에서 반복실험한 결과에 대한 비교는 다양한 그래프로 나타낼수 있습니다. 우리가 잘 아는 bar 그래프가 대표적입니다. 하지만 이러한 Bar 그래프는 실험의 결과를 제대로 나타내주는 그래프가 아닙니다. Boxplot 이나 scatter plot 등도 종종 잘못사용되는 경우가 있습니다. 통계분석 전문가가 아니라서 자세히는 모르지만 데이타를 표현할때 결과를 적절히 반영할수 있는 그래프를 사용해야 되는것 같습니다. P 값에 대한 문제점도 많이 지적되어오고 있는 것같습니다. http://www.estimationstats.com Estimation Stats www.estimationstats.com 이 프로그램은 대표적으로 잘못사용되고 있는 bar, boxplot, scatter plot를 예를 .. 2021. 8. 31. BoxPlotR: a web-tool for generation of box plots BoxPlotR은 웹상에서 데이타를 업로드하여 결과를 볼수 있는 프로그램입니다. 따로 프로그램을 설치할 필요가 없습니다. 앞의 글의 GianPronto에서 설명하였듯이 BoxPlot은 각각의 시료에서 얻은 정량분석값의 분포도의 재현성을 볼때 아주 유용합니다. 하지만 일반 사용자가 텍스트파일을 이용하여 그래프를 그리는것이 쉽지 않을때가 있습니다. 질량분석기에서 얻어진 결과는 매우 많은 양의 데이타가 생성되며 또한 missing value 이 존재하기 때문에 작업과정에서 오류가 종종 발생합니다. 이 프로그램은 웹상에서 특별히 데이타를 가공할 필요가 없이 얻어진 결과에 대한 txt 파일을 업로드 하면 됩니다. 얻어진 결과에 대한 그래프와 더불어 결과파일을 다운받을수 있습니다. 특별히 R 프로그램을 설치하여 분.. 2021. 8. 31. GiaPronto: 한번 클릭으로 간단한 통계분석을 수행할수 있는 프로그램 이 프로그램은 같은 실험실에 있었던 학생이 만든것입니다. 사용하고 있는 프로그램을 통해 얻어진 정량분석결과를 간단한 방법으로 추가적인 통계분석하여 결과를 도출하기 위한 프로그램입니다. Label-free 혹은 TMT분석법으로 얻어진 결과는 Proteome Discoverer나 Maxquant와 같은 프로그램으로 상대적인 정량값을 도출합니다. 여기서 얻어진 정량값들은 단백질 정량을 위해서 검색프로그램을 통해 얻어진 결과는 그 자체로 바로 사용해도 됩니다. 하지만 추가적인 통계분석을 통해서 더 정확한 결과값을 얻을수 있습니다. 생물정보학을 하는 사람이 있을 경우 이 분석이 가능하지만 그렇지 않은 경우 추가적인 작업은 쉽지 않은 일입니다. 이 프로그램은 추가적인 정량분석과 데이타 시각화를 위해서 사용자가 쉽게.. 2021. 8. 30. Web-based tool normalize omics data: Normalizer 사용법 Label-free 나 TMT 같은 정량분석후 변화하는 단백질의 양을 검출하기 위해서는 최초에 얻어진 값들을 normalization하는 과정이 꼭 들어갑니다. 그렇지 않으면 시료 전처리과정이나 질량분석과정에서 발생되는 오차로 인해 생기는 단백질 양의 변화를 실제 변화라고 착각하기 쉽니다. 다행히 대부분의 프로그램은 Normalization 을 수행한후 결과값이 나오기 때문에 특별히 추가로 할일은 없습니다. 예를 들면 10-Plex TMT를 이용하여 실험한후 Proteome Discover로 분석하게 되면 모든 Channel에 대해 Normalization이 됩니다. 아래는 10-Plext TMT 실험후 Normalization 이전과 이후의 Boxplot 그래프입니다. 그러나 가끔 이러한 프로그램없이 .. 2020. 6. 7. 이전 1 다음
