O-linked glycopeptides 검출을 위한 Targeted Mass trigger HCD+EThcD fragmentation

 

Single sugar (HexNac)이 붙은 O-linked glycopeptides분석에  있어서 HCD와 EThcD을 혼합된 분석법으로 검출을 해보았습니다. 

 

앞의 글에서 HCD 를 이용하여 간단한 구조의 O-linked glycopeptides는 Byonic과 같은 특별한 추가적인 프로그램이 없이 Proteome Discoverer의 Sequest 검색만으로 찾아낼수 있음을 확인하였습니다. 또한 EThcD의 유용성도 테스트 해보 았습니다.

관련글) Longer peptide fragmentation with HCD, ETD, and EThcD

관련글) HCD fragmentation 과 Proteome Discoverer 및 Byonic 을 이용한 O-linked glycopeptide 분석

 

그러므로 HCD 와 EThCD를 동시에 사용하면 O-linked glycopeptides를 보다 더 정확하게 찾을수 있듯 합니다.

Oribtrap Fusion에서 Targeted  Mass Trigger 옵션을 이용합니다.  즉 HCD fragmentation에서 oxonium ions인 m/z 204.086이 나타나면 해당되는 Precursor ion을 EThcD로 한번더 fragment 시킵니다. 즉 동일한 precursor ion에 대해 2가지의 MS2 spectrum이 생성됩니다.  두개의 서로 다른 fragmentation 스펙트럼은 O-linked glycopeptides를 검출하는데 도움이 됩니다.

 

 

아래는  이 방법을 통해 얻어진 Haptoglobin의 VVLHPNYS(HexNAC)QVDIGLIK(m/z 666.7017. 3+) 의 HCD와 EThcD 스펙트럼입니다.  먼저 이 O-linked glycopeptide 인 m/z 666.701이 HCD에서 fragmentation 된후 스펙트럼에 m/z 204.086이 존재함으로  해당 Precursor ion 이 EThcD로 한번더 fragmentation 되었습니다.  아래 그림에서 보듯이 Proteome Discoverer로 검색한  VVLHPNYS(HexNAC)QVDIGLIK 의 HCD와 EThCD 스펙트럼은 아주 좋게 나왔습니다. 

 

 

 

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