Byonic™ – (Protein Metrics)로 N-linked glycopeptides 분석하기

 

 

 

 

상용화된 Glycopeptides 구조분석용 프로그램중 Protein Metrics사의 Bynoic이 널리 사용되고 있는것 같습니다.  Byonic은 자체 프로그램으로 운용이 될수 있으며 또한 Proteome Discoverer 과 연결하여 사용할 수 있습니다. 

 

 

일단 Byonic 자체로 N-linked glycopeptide를 분석해보았습니다. 

 

 

 

 

 

 

 

LC-MS/MS Analysis

아래는 대표적인  당단백질인 Haptoglobin에 대한 LC-MS/MS 스펙트럼입니다.

 

Byonic Database Search

Raw 파일을 이용하여 분석해보겠습니다.

Byonic  프로그램 오픈합니다. 그리고 필요한 raw file과 fasta file을 프로그램에 업로드 합니다. Digestion and instrument parameters 탭에서는 default를 사용하였습니다.  그리고 Modification 탭에서는 일반적인 modification인 Oxidation(M) 과 Carboxymethylation(C)를 설정합니다.

 

 

Glycans tab에서는 여러가지 옵션이 있습니다. 자세한 설명은 Application note를 참조하면 됩니다.

간단히 설명하자면 아래의 노란색부분인 Glycans->Enter/edit를 클릭하면 Glycan을  선택할 수 있는 창이 뜹니다.

 

 

선택할 수 있는 다양한 데이타베이스가 있습니다. 여기서는 N-glycan database중 N-glycan 57 human plasma 를 선택하였습니다. 

 

 

아래와 같이 데이타베이스가 아닌 직접 입력할 수 도 있습니다.

 

 

OK를 누르면 모든 준비가 되었습니다.  메인화면에서 "Run"을 누르면 실행됩니다.

 

Byonic Output 

Byonic_Example_Haptoglobin.xlsx

0.18MB

결과나 나오면 몇가지 파일들이 생성됩니다. 이중 검출된 펩타이드와 glycan의 구조에 대한 결과를 엑셀프로그램으로 열어서 확인할 수 있습니다. 3가지 탭이 생성되어 있습니다.

 

Proteins 탭에서는 검출된 단백질에 대한 정보가 있습니다. 

 

Spectra 탭에서 검출된 N-linked glycopeptides에 대한 정보가 있습니다.  펩타이드 Sequence와 glycan 구조, MW, charge, m/z등을 볼 수 있습니다.

 

혈액 단백질의 경우 단백질의 수가 적고 알려진  이미 밝혀진 데이타가 많기 때문에 쉽게 잘 찾아지는것 같습니다.

 

만약 Label-free 형식으로 정량분석을 하기 위해서는 Peptide module에 대한 라이센스를 따로 구매해야 됩니다. 혹은 Proteome discoverer와 연동하여 실행하면 됩니다.

 

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