FAIMS를 이용하여 선택적으로 N-linked glycopeptides 검출하는 방법

펩타이드 분석에 있어서 FAIMS의 큰 장점중 하나는 CV값에 따라 선택적으로 펩타이드를 검출할수 있다는것입니다.

특히 서로 다른 Charge state를 가지는 펩타이드가 FAIMS에서 분리가 된다는 것입니다.

 

그 효율성을 테스트해보기 위해서  일반 펩타이드의 형태가 아닌 charge state가 높은 glycopeptide를 선택적으로 검출해보았습니다.   이전에 글에서 많이 사용한 haptoglobin 을 사용하였습니다.

 

관련글] 수작업으로 N-linked glycopeptides 구조분석하기

 

Haptoglobin은 전형적인 N-linked glycoprotein이며  tryptic digestion후 많은 N-linked glycopeptide들이 생성됩니다.

 

아래는 no FAIMS, FAIMS off, 그리고 여러다른 FAIMS CV값에서 검출한 Haptoglobin digest의 크로마토그램입니다.  CV값에 따라 서로 다른 크로마토그램이 보여집니다.  

Base-Peak Chromatogram of Haptoglobin digest at different FAIMS CV values

 

간단한 비교를 위해서 no FAIMS와 FAIMS -50CV에서 얻어진 MS1 스펙트럼을 전체(위)를 드래그하여 전체피크(아래)를 얻었습니다. 아래 두 크로마토그램에서 보듯이 No FAIMS에서 얻어진 크로마토그램에 비해서 FAIMS -50CV에서 조금더 높은 전하 (5+)를 가지는 펩타이드들이 약간 더 많이 보입니다.

 

 

 

아래는 대표적인 N-linked glycopeptide인 m/z 1139.8704 (3+)에 대한 XIC 입니다. FAIMS가 없는 상태에서 예상대로 잘 검출이 되었습니다. FAIMS가 장착되었을 경우 CV값에 따라 선택적으로 검출이 되었습니다. 특별히 -40 과 -50 CV에 높은 감도를 보였습니다.

 

 

재미있는것은 동일한 펩타이드이지만 다른 전하를 가지는것은 다른 결과를 보여줍니다. 아래는  4+를 가지는 동일한 glycopeptide의 XIC입니다.  이번에는 N FAIMS에서 아주 낮은 감도를 보입니다. 하지만 FAIMS -50CV에서 아주 높은 감도를 보여줍니다.

 

 

 

이 결과를 통해서 FAIMS는 일반 펩타이드가 아닌  높은 전하를 가지는 N-linked glycopeptide에 대해 높은 선택성을 가지는것을 알수 있습니다. 적절한 조건에선 원하는 N-linked glycopeptide를 선택적으로 검출할 수 있을 것이라 생각합니다.

 

 

 

 

 

 

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