FAIMS가 장착된 Exploris 480에서 Cycle time (s), LC gradient와 CV값 에 따른 단백질 검출수

FAIMS가 없는 경우 일반적으로 DDA 분석에서 cycle time을 2s 혹은 3s로 설정합니다. 하지만 FAIMS에서 두 개의 CV값으로 분석하기 위해서는 cycle time을 나누어서 설정합니다. 즉 FAIMS가 없는 상태에서 3s cycle time을 사용하였다면  FAIMS에서 두개의 CV 값은 각각 1.5s로 하는것이 좋습니다.

 

그리고 CV값에 따라 통과되는 이온들의 수가 다릅니다. 보통 -70 은 -50 보다 더 적은 수의 이온을 통과시킵니다. 그러므로 -70 에서는 조금 더 적은 cycle time을 설정합니다. 즉 총  3s cycle time 를 사용시 -50V에서 1.7s, -70V에서 1.3s 사용하면 됩니다.

 

Difference cycle time per CV

먼저 두개의 CV 값에서 각각 1s(total 2s)를 한것과 2s(total 4s)을 비교해 보았습니다.  CV당 1s와 2s cycle time에서 큰 차이는 없습니다. CV 당 2s가 약간 좋습니다.  

Comparision of number of proteins and peptides at different cycle times per CV

Difference combination of Cycle time per CV

이번에는 -50V에서 1.7s, -70V에서 1.3s 와 각각 2s로 설정한것을 비교해보았습니다. 아래와 같이 서로 다른 cycle time을 설정한것에서 조금 더 많은 단백질과 펩타이드가 검출되었습니다. 

 

Comparision of number of proteins and peptides at different cycle times per CV in double CV values

 

Dual vs Triple CV values for a longer LC gradient

LC gradient 의 길이가 증가하게 되면 CV 값의 수도 증가할것을 추천합니다. 아래는 LC gradient에 따라 추천하는 CV 값의 수와  CV 값입니다. 사실 최대한 많은 CV값을 사용하게 되면 더 많은 서로 다른 펩타이드를 검출할 수 있습니다. 하지만 제한된 LC  gradient에서 많은 수를 CV 값을 사용하는것은 오히려 역효과가 납니다. 180min LC time에는 3종류의 CV값을 추천합니다. 

LC Gradient	Number of CVs	CV values (V)
up to 60 min	1*	-50 or -55 or -60
60 min – 120 min	2	-50 / -70
140 min – 180 min	3	-50 / -65 / -80
180 min and longer	4	-40 / -55 / -70 / -85

아래는 180 min LC gradient에서 두개와 세개의 CV 값을 각각 사용했을때 검출된 단백질과 펩타이드의 수입니다.

최적화가 안되어서 그런지 몰라서 두개의 CV값을 사용한것이 여전히  좋은결과를 얻었습니다. 

이번 실험에서는  긴 LC gradient에서 3개의 CV 값으로는 큰 효과를 얻지 못했습니다.

 

Comparision of number of proteins and peptides between double and triple CV values in a 180 min LC gradient

 

 

관련글

FAIMS를 이용한 분석에서 Exploris 480의 Easy-IC source를 이용한 Internal Calibration

FAIMS를 이용한 분석에서 Exploris 480의 Easy-IC source를 이용한 Internal Calibration

FAIMS) Orbitrap Exploris 480 FAIMS Benchmark (Data dependant Acquisition)

FAIMS) Orbitrap Exploris 480 FAIMS Benchmark (Data dependant Acquisition)