Orbitrap Exploris 480 Benchmark (Data Independent Acquisition)

이번에는 Data Independent Acquisition에 대한 간단한 Benchmark 데이타입니다.

200 ng HeLa standard digest를 이용하여 몇가지 조건에서 DIA를 수행하여 Spectronaut로 검색을 하였습니다. 또한 Overlap 방식을 이용한 DIA를 이용하여 EncyclopeDIA를 통해 검색하여 결과를 얻었습니다.

Non-overlap DIA with a Spectronaut search

아래는 서로 다른 DIA isolation window (10 mz vs 20 mz), MS2 AGC, MS2 Maximum injection time 에서 얻어진 단백질과 펩타이드의 수 와 missing value 입니다. 20 m/z보다는 10 m/z가 상대적으로 더 많은 단백질이 검출되는것 같습니다.

Overlap DIA with an EncyclopeDIA search

Spectralibrary를 생성하기 위한 펩타이드의 분획을 하지 않고 Gas-phase fractionation(GPF)와 Overlap DIA를 사용하는 방법으로 분석을 하였습니다. 자세한 내용은 아래글을 참조하세요

Gas-Phase Fractionation 과 EncyclopeDIA 을 이용한 DIA 단백질 정량분석

검출된 결과는 아래와 같습니다.

이전의 글에서도 소개되었듯이 이 방법에 의해서 검출되는 단백질의 수는 기존의 방법에 비해서 약간 적지만 missing value를 가지는 단백질의 수는 월등히 적습니다.실제 정량값을 가지는 단백질의 수는 큰 차이를 가지지 않습니다. 정량분석의 정량성이 매우 뛰어남을 재 확인할수 있었습니다. 실제 정량값을 가지는 단백질의 수는 큰 차이를 가지지 않습니다.

앞에 글에서 EncyclopeDIA 분석법에 대해서 설명을 하였습니다. 동일한 시점에서 동일한 시료/장비를 이용하여 Overlap DIA, non-Overlap DIA, 그리고 DDA (LFQ)의 결과를 비교하였습니다. Overlap DIA로 분석한..