Thermo Orbitrap Exploris 480 Benchmark (Targeted Assay, PRM)

이번에는 Targeted Assay 인 Parallel Reaction Monitoring (PRM)에 대한 Benchmark 실험을 하였습니다.

 

최근 장비들은 Isolation의 효율이 매우 뛰어나기 때문에 0.5 m/z 와 같은 narrow isolation을 이용하여 정량분석을 하면 좋은 결과를 얻을수 있습니다. . 감도가 줄어들지 않으면서 interference peak들을 최대한 제거할수 있습니다. 만약 최대한 target ion만을 isolation 한후 있다면 동일한 AGC 값에서 보다 더 많은 target ion들만을 모을수 있습니다.

 

0.5 m/z and 1.5 m/z isolation for PRM (BSA)

아래는 100 fmol BSA를 이용하여 0.5 m/z와 1.5 m/z isolation window 에서 PRM을 수행한 결과입니다. 대표적인 두 펩타이드의 상대적인 넓이를 비교해보면 0.5 m/z에서 더 높은 값을 가짐을 알수 있습니다.

 

50 Target Peptides of HeLa standard for unscheduled PRM

100 ng HeLa standard를 이용하여 50 target peptides에 대한  unscheduled PRM을 수행하였습니다. 즉 한번의 full scan이후 50번의 PRM을 수행합니다.  아래는 50개 펩타이드에 대한 Sequence정보입니다. 

 

60 min LC gradient에서 50개의 펩타이드가 모두 잘 검출되었습니다. Skyline 에서 모든 펩타이드가 초록색입니다.

 

MS2 resolution에 따른 감도를 비교해보았습니다. 아래의 그래프에서 보는것과 같이 동일한 조건에서 MS2 의 resolution이 증가 될수록 감도가 조금씩 증가되는 경향이 있습니다.

 

 

 

몇개의 펩타이드보다는 50개의 펩타이드를 이용하여  unscheduled PRM을 수행하여 장비의 감도를 점검할수 있습니다. 

 

 

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