Exploris 480의 Single-cell DDA Method 테스트

 

Exploris 480에 설치된 S/W에서는 유저들이 특정한 실험목적에 맞게 사용할수 있는 Method들이 포함되어 있습니다.  그중에 Single-cell proteomics에 사용할수 있는 method가 있습니다. 극미량의 단백질을 검출할수 있도록 감도면에서 최적화시켰다고 생각합니다.

 

 

 

Full Scan Properties

 

DDA MS2 Properties

 

 

해당하는 단백질의 양이 어느정도인지는 모르겠으나 아마 1ng 이하정도가 아닐까 생각합니다. 낮은 양의 단백질시료에서 검출효율을 보기 위해서 간단히 테스트를 해보았습니다. 1ng 과 10ng에 해당하는 HeLa digestion standard 을 이용하여 기존의 방법과 S/W에서 제공하는 방법으로 분석해 보았습니다.

 

아래는 각각에서 검출된 단백질과 펩타이드의 수입니다. 예상과는 달리 기존의 방법에서 더 많은 단백질과 펩타이드가 검출되었습니다.  1ng 수준까지는 기존의 방법으로 하는것이 더 좋은것 같습니다. 

 

 

 

더 낮은 양에서는 아마 효과가 있을지 모르겠습니다. 하지만 보통 1ng이하의 시료를 분석할 일은 거의 없는것 같습니다.