Raw 파일에 사용된 method를 Xcalibur에서 바로 불러오기

새로운 프로젝트를 시작하게 되면 가장 먼저 해야할것 중에  하나가 LC-MS/MS 를 최적화하는것이 아닐까 생각합니다. 이를 위해서는 보통 최신 논문에서  사용한 parameter들을 그대로 적용해서 테스트하게 됩니다.'

 

새롭게 업데이트된 Xcalibur 프로그램은 분석이 완료된 raw파일로부터 method를 그대로 불러 올수 있다는것을 알게 되었습니다.  요즈음은 논문제출시  모든 결과에 대한 raw파일을 ProteomeXchange (http://www.proteomexchange.org/)와 같은 public site에 업로드를 해야 합니다.  즉 모든 사람들이 raw 파일을 다운받을수 있습니다. 다운받은 파일을 Xcalibur에서 불러오기만 하면 됩니다.  물론 사용하는 장비가  raw파일에서 사용한 장비와 동일해야 합니다. 그리고 LC부분은 적용이 되지 않고 질량분석기 부분만 불러올수 있습니다.

 

 

1) 질량분석기 부분이 비어있는 method를 불러옵니다. 

 

 

 

2) 질량분석기 부분이 비어있는 method를 불러옵니다. 메뉴에서 Orbitrap Exploris 480을 선택한후 "import Method from Raw Data file" 을 클릭합니다.

 

 

 

3) 아래와 같은 안내 메세지가 나옵니다. 그냥 OK 누르면 됩니다.

 

4) 원하는 raw 파일을 찾아서 불러옵니다.

 

 

5) 아래와 같이 새로운 Method가 생성되었습니다.  

 

 

 

장비만 동일하다면  논문에서 Materials and Methods에서 일일이 찾아서 기입할 필요가 없어졌습니다.