MSFragger, 데이타베이스 검색 프로그램

질량분석기에서 얻어진 결과를 검색하는 소프트웨어는 아주 다양합니다. 보통 상용화된 프로그램을 사용합니다. 하지만 Bioinformatics를 전문으로 하는 그룹들이 자체적으로 개발한 프로그램들을 무료로 배포하고 있습니다.

MaxQuant 가 대표적인 무료 프로그램입니다.  이외에도 많은 프로그램을 논문에서 찾아볼수 있습니다. 한가지 단점은 실제 사용할려고 하면  쉽게 설치가 안되는 경우가 있습니다. 프로그램언어를 아는 사람들은 쉽게 설치하고 사용하지만 저와 같이 잘모르는 사람들은 잘 안될때가 많습니다. 필요한 source code로 적혀있지만 무용지물입니다. 

 

최근에 MSFragger를 설치하여 간단히 사용해보았는데 아주 만족하게 되었습니다. 설치도 간단하고 온라인에서 설명도 잘 되어 있습니다.  이 프로그램의 설명에서 가장 눈에 띄는것이 "Ultrafast database search tool for peptide identification" . 검색시간이 아주 빠른것이 장점인것 같습니다.

 

 해당논문은 아래 링크로 보시면 됩니다. 

https://www.nature.com/articles/nmeth.4256 

 

관련 웹사이트는 여기입니다. 

 https://msfragger.nesvilab.org/ 

 

MSFragger는 Sequest와 같은 검색엔진입니다. 이것은 보통 3가지 플래폼을 통해 사용할수 있습니다.   

 

1. With FragPipe user interface 

1. As a standalone Java executable, which we recommend using with Philosopher pipeline 

1. Through ProteomeDiscoverer  

가장 쉽게 할수 있는 방법이 FragPipe입니다. 

해당 웹사이트는 다음과  같습니다’ https://fragpipe.nesvilab.org/ 

여기서 프로그램을 다운로드할수 있습니다.  https://github.com/Nesvilab/FragPipe/releases 

 

윈도우 용으로 FragPipe-jre-16.0.zip 을 다운받았습니다. 

 

다운을 받아서 압축을 풀면 아래와 같은 폴더가 나오며 번개모양의 fragpipe를 클릭하면 프로그램이 실행됩니다. 

최신 Java 를 설치를 요구할 경우 온라인에서 다운받아서 설치합니다. 

 

 

 

초기화면은 아래와 같습니다. 

이중에 MSFragger 와 Phiosopher를 다운받아야 합니다.  오른쪽의 Download를 클릭하면 자동적으로 설치됩니다. MSfragger의 경우 licenses 동의가 필요하기 때문에 필요한 정보를 입력하고 확인합니다. 

 

FragPipe 초기화면

 

 

MSFragger 사용권한에 관한 동의서

Philosopher는 "Download"를 클릭하면 다운이 되며 자동으로 exe파일의 경로를 찾아줍니다.

 

아래와 같이 경로가 지정되었습니다.

 

 

FragPipe 사용방법은 아래에 아주 자세히 나와있습니다. 

https://fragpipe.nesvilab.org/docs/tutorial_fragpipe.html 

 

기존에 데이타베이스 검색을 해본 사람이라면 쉽게 할수 있습니다. fasta파일은 이 프로그램을 통해서 uniprot에서 다운받을수 있습니다. 기존에 다운 받은것으로 해보았는데 에러가 발생했습니다. 아마 포맷이 맞지 않았던것 같습니다. 

프로그램에서 다운받거나 적절한 포맷의 fasta파일을 사용해야 되는것 같습니다. 

 

Exploris480에서 얻은  100ng HeLa standard (60min)의 5개 파일을 모두 검색하는데 10분도 채 걸리지 않았습니다. 

아래는 FragPipe에서 MSFragger를 통해 얻은 결과와 Proteome Discoverer 2.4에서 Sequest HT를 통해 얻어진 결과에 대한 그래프입니다. 일단은 단백질/펩타이드 검출수에서 MSfragger가 조금 더 많이 검출이 되었습니다. 물론 숫자만으로 평가할수는 없습니다. 또한 Proteome Discoverer는 많은 다양한 기능을 가지고 있습니다. 하지만 무료로 아주 빠르게 검색할수 있는 MSfragger만의 장점이 있는것 같습니다.