시스템 상태와 분석법 최적화를 위한 QC 검증 툴-Proteomics Quality Control (PTXQC)

최근에 QC용으로 사용하는 프로그램을 소개하고자 합니다. 2016년에 발표된 논문입니다. 

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26653327/

Proteomics Quality Control: Quality Control Software for MaxQuant Results, J Proteome Res . 2016 Mar 4;15(3):777-87

 

개요

MaxQuant를 통해 얻어진 결과를 분석하여 다양한 그래프로 보여줍니다. 특별히 dragNdrop 기능은 특별히 사용자가 프로그램을 오픈할 필요가 없이 그냥 MaxQuant의 결과 폴더를 drag만 하면 자동으로 결과를 보여줍니다.  컴퓨터 언어를 전혀모르는 사람도 마우스만 움직일수 있으면 가능합니다

 

설치파일과 설명은 아래와 같습니다.    https://github.com/cbielow/PTXQC

 

R 프로그램기반이기 때문에 R 을 설치해야 합니다. 설명서를 읽고 천천히 따라하면 되지만 실험실에 컴퓨터 언어를 아는 사람이 있으면 도움을 요청하는것이 좋을것 같습니다.  설치를 하면 아래와 같은 파일이 생성됩니다.

 

 

 

_Internal 폴더안에 설치한 R 프로그램을 복사해서 넣어야 합니다.

 

사용법

 

1.       분석할 파일을 MaxQuant로 검색을 합니다. 각각의 QC 시료를 비교하기 위한것이라면  각각의 파일은  개별 experiment (아래의 경우 1-7)이 되어야 하고 fraction도 모두 1로 설정합니다.

 

 

분석이 끝나면 해당 raw 파일이 있는 폴더에  “combined”폴더가 생성됩니다.  이것을 클릭하면 여러 폴더가 나오는데 분석을 위해서는 “txt”폴더를 이용합니다.

 

 

"txt"폴더를 그냥 드래그하여 "creatQC_dragNdrop"위에 올려놓습니다. 

 

 

 

그러면 아래와 같이 창이 뜨면서 진행이 됩니다. 시간은 그리 길지 않습니다.

진행이 완료되면  "Press any key to continue.." 문장이 나옵니다. 이제는 이 창을 닫아도 됩니다.

 

이제 해당 txt 폴더안에 들어가면 아래와 같은 새로운 파일들이 생성되어 있습니다.

웹브라우저 형태나 PDF파일을 불러오면 됩니다. PDF파일보다는 웹브라우저 파일 형태가 좋습니다.

웹브라우저 형태의 파일을 클릭하면 다양한 그래프를 볼수 있고 이를 통해 데이타를 해석할수 있습니다. 또한 장비상태를 시각적으로 쉽게 판단할수 있습니다.

 

 

결과파일

아래와 대표적인 몇가지 그래프입니다.

 

파일다운로드

웹브라우저(unziped)

report_v1.0.5_combined.html

1.66MB

웹브라우저(zipped)

 

report_v1.0.5_combined.zip

0.76MB

PDF파일

report_v1.0.5_combined.pdf

0.11MB

 

HeatMap

뭔지는 잘모르겠지만 암튼 뭔가 있어보입니다. 

 

Missed Cleavages per Raw file

Digestion시 enzyme의 효율을 볼수 있는 missed cleavages값입니다.

 

MSMSscans: TopN

DDA에서 TOP N 수를 최적화 하는데 도움이 됩니다. Orbitrap이나 Exploris480 같은 장비는 Cycle time으로 분석하기때문에 해당이 안될수도 있지만 대략  DDA에서  어느정도까지의 TOP N이 좋은지 확인할수 있습니다.

IDs over RT

LC gradient 에 따른 검출된 펩타이드의 분포도를 보여줍니다. 이를 통해 LC gradient를 최적화 할수 있습니다. 넓은 LC 영역에서 최대한 골고루 검출되게 하는것이 목적입니다.

Proteomics Quality Control: Quality Control Software for MaxQuant Results

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