RawBeans: A Simple, Vendor-Independent, Raw-Data Quality-Control Tool

최근에 QC 를 위한 툴이 소개 되었습니다. 

RawBeans: A Simple, Vendor-Independent, Raw-Data Quality-Control Tool

 

이전의 Thermo 에서 만든 rawMeat를 생각나게 하는 이름입니다.  이 툴을 이용하여 Thermo 장비에서 얻은 결과에 대해서 검색없이 다양한 정보를 얻을수 있었지만 현재는 업데이트가 되지 않아서 사용이 안되는것으로 알고 있습니다.

 

이전글에 QC를 위한 툴인 PTXQC 소개한바 있습니다.

시스템 상태와 분석법 최적화를 위한 QC 검증 툴-Proteomics Quality Control (PTXQC)

 

RawBeans에서 얻어진 결과는 PTXQC에서 얻어진것과 동일한 형태인 html 파일로 보여지며 또한 제공되는 정보도 유사합니다. 하지만 RawBeans은 검색을 수행하지 않고 raw 파일만으로 비교분석하게 됩니다. 그러므로 PTXQC보다는 더 직관적으로 빨리 확인이 가능합니다. 하지만 검출된 단백질/펩타이드에 수와 그에 관련된 정보는 얻지 못합니다.

 

하지만 아주 간단히 수행이 가능하기 때문에 질량분석기에 연결된 컴퓨터에 설치하여 분석후에 바로 적용할수 있어서 편할것 같습니다.

 

다운로는 아래 주소에서 할수 있습니다.

 

https://bitbucket.org/incpm/prot-qc/downloads/

다운로드후 압축을 푼후 실행파일을 클릭하면 됩니다. Thermo 장비에 얻어진 raw 파일은 변환없이 바로 분석이 가능합니다.   MSfileReader 를 같이 다운받아 설치합니다.

 

만약 다른 회사의 장비에서 얻어진 결과는 ProteoWizard를 통해서 파일 변환이 된후 수행이 됩니다. 프로그램에서 ProteoWizard 의 실행파일 (exe)의 주소를 입력하는 칸에 입력하면 자동으로 수행이 됩니다.

 

 

아래는 설치후 실행파일을 오픈하면 보이게 되는 프로그램화면입니다. (사용설명서)

간단히 raw 파일이 있는 폴더와 검색결과가 저장될 폴더를 지정하면 됩니다. 

 

 

분석이 진행되는 과정은 아래와 같이 보이게 됩니다. 

 

분석이 끝나면 해당 폴더에 아래와 같은 파일이 생성됩니다. html파일을 클릭하면 결과를 볼수 있습니다.

실제로 분석하여 얻은 결과과 아래와 같이 보입니다.  상단의 메뉴에서 보듯이 다양한 결과를 볼수 있습니다. 

 

 

 

해당 논문에 해당하는 supplementary 결과를 다운받을수 있습니다.

 

File S1. RawBeans report of 10 HeLa runs (ZIP)
File S2. RawBeans report of 86 HeLa QC runs from one instrument (ZIP)
File S3. RawBeans report of ABSciex data from ProteomeXchange PXD023653 (ZIP)
File S4. RawBeans report of Bruker TIMS-ToF data from ProteomeXchange PXD021832 (ZIP)
File S5. RawBeans report of a DIA raw data (ZIP)

 

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