소량의 단백질 검출시 MS2 의 Resolution의 영향

"시료의 양이 아주 적을 경우 MS2의 Resolution을 증가시키면 더 많은 단백질을 검출할 수 있습니다"

 

질량분석기는 감도와 속도 간의 어느정도의 역상관관계가 있습니다. 감도를 높이면 속도를 줄여야 되며 반면에 속도를 높여서  많은 펩타이드를 검출하고 싶으면 감도가 줄어들게 됩니다.

 

주입되는 단백질의 양이 매우 적을 경우 아무래도 감도를 더 우선시 해야 될때가 있습니다. 그렇지 않으면 스펙트럼의 수는 많지만 실제로 데이타베이스 검색을 통과하여 검출되는 펩타이드의 수는 상대적으로 적게 됩니다. 

 

낮은 양의 시료를 분석할때 MS2의 resolution도 검색결과에 영향을 줍니다. 낮은 양의 펩타이드는 주위의 background 피크들과 구분이 잘 안될때가 있습니다. 이 경우 주위의 피크와 혼합되어 정확한 charge state값을 계산할수 없을때가 있습니다. 이렇게 되면 정확한 m/z값이 계산이 되지 않습니다.  이로 인해 데이타베이스 검색시 filter-out 되는 경우가 많습니다.

 

이러한 이유로 Resolution을 증가시키면 검출수를 증가시키는데 도움이 될때가 있습니다.  아래는 50ng의 complex 시료를 서 로다른 MS2 resolution값으로 검출했을때 얻어진 단백질과 펩타이드 수입니다.   그래프에서 보듯이 resolution이 증가될수록 검출되는 단백질과 펩타이드의 수가 증가하다가 60K 이후 부터 다시 감소합니다.  동일한 양을 주입했는데 resolution이 어느정도 증가함에 따라 검출된 단백질과 펩타이드의 수가 증가되었다는것은 순수하게 resolution에 의해서 영향을 받은것입니다.  정확한 이유는 알수 없지만 어느정도 증가된 resolution으로 인해 감도는 감소되지 않으면서 MS2의 quality가 증가되어 검출수가 증가 된것 같습니다.