MaxQuant iBAQ: 한 시료안에서의 서로 다른 단백질의 상대적인 정량값계산하기

분석서비스중 가장 많이 요청받는것 중 하나가 IP 혹은 Pull-down후 특정 단백질에 결합한 단백질을 찾는 실험입니다.

의뢰자는 분석후 얻어진 단백질 리스트중에 상대적으로 양이 많은 단백질의 알고 싶어합니다. 이러한 단백질이 특정 단백질에 결합하는 단백질일 가능성이 높다고 여깁니다.

 

검출된 펩타이드의 수나 sequence coverage로 예측을 하기도 합니다.  하지만  분자량이 큰 단백질은 상대적으로 많은 펩타이드가 생성되기 때문에 많은 펩타이드가 검출되지만  반대로 작은 단백질은 절단된 펩타이드의 갯수가 적게 됩니다.  또한 이와 반대로 분자량이 큰 단백질은 많은 펩타이드가 검출되더라도 sequence coverage는 높지 않습니다.  그러므로 검출된 펩타이드의 수나 sequence coverage만으로 상대적인 단백질의 양을 비교하는것은 오류가 생길수 있습니다.  

 

이 경우 MaxQuant의 iBAQ 값이 도움이 됩니다. 물론 이것도 완벽한 방법은 아니기는 하지만 그래도 어느정도 측정이 가능합니다.  IBAQ 값은 검출된  단백질의 전체 펩타이드의 Intensity값을  이론적으로 검출가능한 펩타이드의 수로 나누어 계산합니다.  그러므로 단백질의 크기에 따른 변수를 줄이고 주어진 시료안에서 서로 다른 단백질간의 상대적인 정량값을 측정할수 있습니다.

 

MaxQuant 로 분석시 Label-free Quantitation에서 iBAQ 옵션을 체크하면 됩니다.

 

  

 

분석후 얻어진 proteingroup 파일에서 아래와 같이 iBAQ 값을 볼수 있습니다.  이 수치를 바탕으로 상대적인 단백질의 양을 대략으로 예측할수 있습니다.