SeeMS- 매칭된 MS2 스펙트럼 생성 프로그램

아주 간단한 프로그램을 이용하면 작업을 하는데 있어서 시간을 많이 줄일수 있습니다. SeeMS를 프로그램은 검출된 펩타이드에 대해  y, b 이온이 표기된 스펙트럼을 자동으로 생성해줍니다.  물론  Proteome Discoverer와 같은 단백질 검색프로그램으로 검색후 얻을수 있습니다.   하지만 이러한 프로그램을 사용할수 없는 상황에서는 SeeMS 프로그램으로 간단히 만들수 있습니다.  또한 검색 프로그램이 없이 raw파일에서 본인이 원하는 펩타이드가 검출되었는지 확인하는데도 사용할수 있습니다. 

 

SeeMS는 ProteoWizard 프로그램을 다운받으면 자동으로 추가 설치가 됩니다.

https://proteowizard.sourceforge.io/

 

프로그램을 다운받아서 설치하면 아래와 같이 SeeMS가 설치된것을 볼수 있습니다.

 

 

해당 프로그램을 열고 원하는 raw파일을 엽니다.  아래와 같이 TIC  스펙트럼과 함께 아래 각 피크에 대한 정보가 테이블로 나타납니다. 

 

원하는 펩타이드에 해당하는 MS2 스펙터럼을 테이블에서 찾아야 합니다.   실제 검색프로그램을 통해 얻어진 결과가 있다면  검출된 결과에서 m/z 값, RT, 혹은 scan number 값을 이용하여 SeeMS의 테이블에서 해당  펩타이드를 찾을수 있습니다.

 

 

 

Proteome Discoverer를 통해 얻어진 펩타이드 GLNDDSYGYR 를 찾아보겠습니다.  실제 검출된 스펙트럼에 해당하는 scan number 12128 입니다.

 

 

이에 해당하는 것을 SeeMS의 테이블에서 찾아서 클릭합니다. 아래와 같은 스펙트럼이 열리게 됩니다.

 

이제 아래와 같이  해당 아이콘을 클릭합니다.

"+"를 클릭한후 펩타이드 sequence를 기입합니다.   아래와 같이 필요한 값을 기입합니다. 예를 들면  CID/HCD로 분석한 경우 b, y 이온을 체크합니다.

 

 

 

 

 

 

그러면 프로그램은 자동으로 이론적인 이온들값과 일치하는 부분을 찾아서 아래와 같이 스펙트럼이 생성됩니다.

 

 

아래는 Proteome Discoverer에서 실제로 검색된후 얻어진 스펙트럼입니다.

 

 

 

검색결과가 없는 경우에도 원하는 펩타이드를 찾아서 검출여부를 확인하고 스펙트럼을 생성할수 있습니다. 예를 들면 BSA를 분석한후 이미 알고 있는 펩타이드인 LVNELTEFAK를 위의 방법으로 스펙트럼을 생성할수 있습니다.

 

m/z값을 이용하여 테이블에서 찾은후 위와 같은 방법으로 진행하면 됩니다.  아래와 같이 스펙트럼이 얻어졌습니다. 즉 검색프로그램이 없어도 원하는 펩타이드의 검출여부를 SeeMS를 통해 간단히 확인할수 있습니다. 

 

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