간단한 DIA method 조건 테스트

질량분석기의 조건을 최적화하는데 있어서 사람마다 성향이 있을것입니다. 하나의 조건으로 다양한 시료를 분석할 수도 있고 아니면 그때 그때 마다 조건을 바꾸어서 최적화 할수도 있습니다.

 

누구나 최적화 된 상태에서 자신의 시료를 분석하고 싶어할 것입니다.  그래서 장비를 만지기를 좋아하는 사람은 질량분석기의 파라미터를 하나 하나씩 바꾸어 가면서 최적화 합니다.  저도 이전에는 그렇게 하긴 했는데 투자 대비 얻는것이 상대적으로 미비한것 같습니다.  논문에 나오는것 처럼 다양한 파라미터를 바꾸어서 최적화 하더라도 시간이 지남에 따라 장비의 감도가 떨어짐으로 효과가 감소합니다.  대략 좋은 조건을 찾으면 특별히 많이 바꾸지 않고 사용합니다.

 

 

 

 

DIA 정량분석을 위해 Q-Exactive HF를 이용하여 간단히 몇가지 조건으로 비교를 해보았습니다.

 

 

 

아래는 Biognosys사의 Spectronaut 를 이용하여 얻어진 단백질수 ,펩타이드수, Data point수, cycle time  비교 그래프입니다.  물론 많은 단백질이 검출되는것이 중요하지만 정량분석을 위해서는 단백질수는 적더라도 높은 재현성을 가지는것이 필요합니다. 그러므로 이 둘 (단백질수와 정량성) 을 잘 고려해서 결정해야 합니다.

 

Updated (08-01-2020)

• Instrument: Orbitrap Fusion 
• Samples: HeLa standard digest (200ng per injection)

MS2 의 resolution (60K vs 30K)는 크게 영향을 주지 않으며 MS2 scan range를 약간 증가는 크게 도움이 되지 않습니다.

 

 

 

 

 

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