Spectronaut 에서 Spectra library이 Fasta만을 사용하는 direct DIA 분석 (Human plasma &Achilles tendon)

이전의 테스트에서  Spectronaunt 의 diret DIA 분석법을 이용해  Spectra library 없이 fasta 파일만으로 DIA를 분석하였습니다.

 

의외로 좋은 결과가 나온것 같아서 기존의 수행한 다른 DIA 분석결과를 이용하여 비교해보았습니다.

 

Human Plasma Samples

먼저 기존의 시료와는 다른 형태인 human plasma를 사용하였습니다. High abundant protein을 제거하지 않은 Human plasma 시료의 경우 검출되는 단백질의 수는 아주 제한적입니다. 대략 250~300개정도가 검출됩니다.  즉 전체 human fasta 파일에서에서 아주 일부분만 검출됩니다. 이 경우 directDIA와 분획후 DDA에서 얻은 spectra library에서의 분석결과를 비교해보았습니다.  directDIA의 경우 human fasta 파일을 사용하였습니다.  Spectra library의 경우 undepletion 과 depletion human plasma를 각각 분획후 DDA로 얻은 파일을 사용하였습니다. 약 700개의 단백질이 검출되었습니다. 

 

아래 그래는 각각의 방법에서 얻어진 단백질과 펩타이드 수를 나타냅니다. 두개를 비교해보면 단백질의 수에서는 큰 차이는 나지 않았습니다. 하지만 펩타이드 수의 경우 directDIA가 Spectra-library보다 많습니다.  

 

한가지 또 다른 방법을 사용하였습니다. plasma에서 검출되는 단백질의 수는 전체 human fasta 파일에서 극히 일부분에 해당합니다. 그래서 human fasta중에서  plasma 단백질만이 구성된  fasta만을 사용해보았습니다. 이를 위해서 DDA 얻어진 단백질에 해당하는 fasta만을 추출하여 directDIA에 적용해보았습니다.  아래 그래프에서 보듯이  앞의 두 방법에 비해서 단백질의 수, 펩타이드수가 증가한것을 볼수 있습니다. 

 

 

 

 

 

Human Achilles tendon

이번에는 또 다른 시료인 사람의 아킬레스 근육 조직을 이용하여 비교해보았습니다.  Spectra library의 경우 분획후 DDA 분석을 통해 얻어진 6000개 단백질에 해당하는 spectra library를 사용하였습니다.  이 시료에서도 directDIA에서 보다 높은 단백질 수를 얻었습니다. 놀라운 점은 direct DIA에서 월등히 높은 펩타이드수가 나왔습니다. 뭔가 잘못된것인것 같기도 합니다. 

 

 

 

아무튼 여러 시료를 통해서 direct DIA가 최소한 기존에 방법에 비해서는 나쁘지 않다는것을 확인하였습니다. 즉 사전분획없이도 가능함을 확인하였습니다. 

 

관련글]DIA분석(QE)에 있어서 m/z 500-900 과 mz 400-1000 검색구간에 따른 결과 차이

관련글] Skyline의 DIA method 설정에서 Window 수와 Optimize window placement 에 따른 비교 분석 (QE-HF)

관련글] 적은수의 펩타이드를 정량분석에 있어서 PRM과 DIA 분석법 비교

관련글] PRM / DIA 정량분석법의 최적화를 위한 peak point 찾기 (실제 데이타)

관련글] PRM / DIA 정량분석법의 최적화를 위한 peak point 찾기

관련글] Rat Brain Tissue DIA, Spectonaut directDIA, spectra-library based vs Gas-phase Fractionationed based EncyclopeDIA

관련글] Biognosys Spectonaut directDIA vs Gas-phase Fractionationed based EncyclopeDIA

관련글] Spectronaut의 direct DIA 분석 검증(Human plasma &Achilles tendon)

관련글] Spectronanut의 directDIA 분석과 Spectra library 기반의 정량분석 비교

관련글] Biognosys Spectronaut 의 Pulsa, directDIA를 이용한 DIA 검색능력 비교

관련글] Biognosys 사의 Spectronaut Pulsar의 DirectDIA 분석 (without Spectra library)

관련글] Biognosys 의 Spectronanut Pulsar 프로그램을 이용한 Spectra library 만들기

관련글] DIA Spectra library를 위한 Spin-column 형태의 hpRP, SCX, and HILIC 기반 펩타이드 분획

관련글] EncyclopeDIA, Spectronaut, PD2.4 with Overlap & non-Overlap DIA and DDA analysis

관련글] Overlap DIA 파일을 HTRMSConverter 로 변환하여 Spectronaut 분석하는 방법

관련글] EncyclopeDIA 을 이용한 DIA 단백질 정량분석 

관련글] [Biognosys spectronaut] DIA 분석에서 Spectra library에 따른 단백질 검출차이

관련글] [Biognosys spectronaut] Configure condition 설정

관련글] Spectronaut 의 directDIA 분석과 Spectra library 기반의 정량분석 비교

관련글] Spectronaut 의 direct DIA 분석 검증(Human plasma &Achilles tendon)

관련글] [Biognosys spectronaut] DIA normalization Setting (Ovalbumin DIA 정량분석)

관련글] EncyclopeDIA, Spectronaut, PD2.4 with Overlap & non-Overlap DIA and DDA analysis