Negative mode로 장비내 contaminants 제거하기

프로테오믹스에서 펩타이드 분석은 대부분  positive ion모드에서 사용합니다.  Positive  ion mode에서는  positive ion들만이 질량분석기 내부를 거쳐서 검출기까지 도달하게 됩니다. 이때 positive  가 아닌 negative 혹은 neutral   이온은 질량분석기 안으로 들어가지 않거나 들어가더라도 중간에서 더 이상 이동을 하지 못합니다.  장기간 분석을 하게 되면 이러한 이온들은 질량분석기 내부에 붙게 되어 감도를 떨어뜨리게 됩니다.

종종 평소와 다르게  backgroup peak들의 intensity가 낮아지는걸 볼 수 있습니다. LC를 켜둔 상태에서 positive mode에서 항상 보이는 background peak들이 낮게 나올때  5분정도 negative mode로 작동시킨후 다시 positive로 바꾸면 정상적으로 보일때가 있습니다.  이 경우 불순물 이온들이 표면에 붙어서 생기는 "Charging"이 된 경우라고 볼수 있습니다.  이온들은 질량분석기내부의 전기적인 자극으로 움직입니다. 그래서 전극이 통하는 부분에 불순물이 있으면 정상적인 작동이 안되어서 이온들이 효과적으로 검출기까지 도달하지 못합니다. 

 

장비를 분해해서 뜯지 않고 표면에 붙은  이온을 떨어뜨릴때 사용하는 방법이 negative mode로 일정시간 두는것입니다.  Positive mode에서는 움직이지 않던 이온들이 negative mode에서 떨어져 나가게 됩니다. 하지만 Negative mode가 감도를 복귀시키는데 도움이 되지만 일시적인 효과를 볼수 있기 때문에 차후 장비를 세척을 해야 합니다.

 

Negative mode 이후 향상된 감도

아래 크로마토그램은 감도가 떨어진 상태에서 negative mode 이후 감도가 향상된 예를 보여줍니다.

시스템 QC 를 위해  분석하는 BSA의  대표적인 펩타이드의 MS1 피크의 감도가 정상적인 값보다 많이 떨어진걸 확인하였습니다.  시료 및 컬럼의 문제가 아닌것을 확인한후 negative mode  로 10 분도 acqusition  을 한후 다시 동일한 조건에서 BSA를 측정하였습니다.  이 과정만으로 약 10배의 감도가 증가된것을 볼수 있습니다.

 

 

 

이러한 "charging" 문제를 평소에 예방할수 있는 방법이 있습니다.  실제 시료 분석을 위한 method에 negative mode acquisition 삽입 시키는것 입니다.  펩타이드가 용리되지 않는 시간에 negative mode를 삽입시킵니다. 시작 혹은 마지막 몇분 정도에 삽입하면 됩니다. 

 

Negative mode method

아래는 Q-Exactive 에서 첫 2분 동안 negative mode로 셋팅한 이미지입니다.

 

 

 

 

이외에도 짧은 시간의 blank method(약 10분) 를 만들어서 negative mode 따로 만들어서 시료분석 사이에 이용하면 좋습니다. 

 

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