Spectronaut 의 directDIA 분석과 Spectra library 기반의 정량분석 비교

 

앞에서 Spectronanut 의 directDIA에 대해 간략히 언급하였습니다. 즉 Spectra library 없이 fasta file 만으로 분석하는 것입니다. 

 

이번에는 HeLa  digest에 서로 다른 양의 Ovalbumin을 첨가한후 그 실제 정량값이 잘 나오는지 확인해 보았습니다.

 

실험방법

• 1µg of HeLa Digest 당 10ng, 50ng, 100ng, 200ng Ovalbumin을 각각 첨가
• Orbitrap Fusin을 이용하여 DIA 분석 
• 얻어진 raw파일을 이용하여 directDIA와  Proteome Discoverer 2.4 로 검색한 Spectra library로 각각 분석하여 비교

 

 

 

 

 

먼저 이론적인 상대적 정량비율은 아래와 같습니다.

 

 

실험결과

아래  각각의 방법을 통해 얻어진 상대적인 정량값의 그래프입니다.  Spectra library 없이 분석한 방법임에도 Ovalbumin의 상대적인 정량값의 비율이 이론치와 유사함을 알수 있습니다.

 

 

 

아래 그림은  검출된 HeLa 단백질과 펩타이드 수에 대한 비교 그래프입니다.

이전 글에서 나온 결과와 동일하게 directDIA에서 보다 많은 수의 단백질과 펩타이드가 검출되었습니다.

 

 

이런 결과를 토대로  펩타이드를 분획하여 Spectra library를 만들 필요가 없다고 생각할수 있을것 같습니다. 하지만 약간 성급한 결론인 것같고 다른 형태의 시료도 비교해보아야 될것같습니다.  아무튼 Spectra library 가 필요없는 directDIA의 적용가능성을 본것같습니다.

 

 

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