Thermo Altis Triple Quardrupole 을 이용한 Ovalbumin의 정량성 테스트
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프로테오믹스(단백체학)

Thermo Altis Triple Quardrupole 을 이용한 Ovalbumin의 정량성 테스트

by Hyoungjoo 2020. 9. 17.
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이전에 TMT, PRM, Label-free, DIA에 대한 정량성에 대해서 실험을 했었습니다. Complex Matrix에 서로 다른 양의  Ovalbumin을  첨가하여 이론값과 실제값을 비교하였습니다.

 

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이번에는 현재 보유하고 있는 Thermo 사의 Altis Triple Quardrupole 을 이용하여 동일한 시료를 이용하여 MRM을 수행하였습니다. LC는 앞의 실험과 같은 nano LC가 아닌 high-flow LC 인 Vanquish UPLC를 사용하였습니다.

 

실험방법

  • 기존의 실험과 유사하게 matrix에 2.5, 25, 50, 100, 200ng의 Ovalbumin을 각각 첨가하였습니다.
  • 대표적인 4개의 펩타이드를 선정하였고 각 펩타이드별로 3~4개의 transition ion을 사용하였습니다.
  • 아래는 Skyline 화면입니다.

  • Vanquish UPLC에  10cm,1.9 um C18 컬럼을 사용하였고 300ul/min 의 flow-rate를 사용하였습니다. nano LC 와 달리 짧은 gradient인 20 min gradient를 사용하였습니다.

 

실험결과

 

  • 아래는 그래프는 Ovalbumin의 이론적인 상대값입니다.

 

  • Triple Quardrupole MRM 분석으로 얻어진 정량값은 아래와 같습니다. 대체적으로 상대적인 정량비율이 실제 값과 유사합니다.
  • Nano LC 가 아님에도 불구하고 Nano LC 실험때와 동일한 양을 주입하였는데도 검출이 잘 되었습니다. 역시 MRM은 target 펩타이드 분석에서 높은 감도를 보이는것 같습니다.

 

High-flow UPLC는 nano UPLC에 비해서 여러모로 장점이 있습니다.  재현성이 아주 높기 때문에 Scheduled MRM시 narrow LC RT window를 사용할수 있습니다. 또한  추가적인 LC time(sample injection time, sample trapping time)이 없음으로 같은 시간에 더 많은 시료를 분석할 수있습니다.

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