Biognosys Spectronaut의 Pulsa, directDIA를 이용한 DIA 검색능력 비교

 

 

앞의 글에서 Biognosys 사의 Spectroanut 프로그램을 이용한 Pulsa와 directDIA 검색방법에 대해서 간략히 설명했습니다.  이번에는 실제 데이타를 이용하여 Proteome discoverer를 통해 얻어진 spectra library 결과와 비교해보았습니다.

Spectra library는 1mg HeLa digest 를 HPLC 기반 hPRP로 분획후 DDA 분석을 통해 얻어진  결과를 사용하였습니다.

 

DIA 분석을 위해서는 100ng Hela standard digest(Pierce)를 Q-Exactive HFX로 8번 반복분석한 결과를 사용하였습니다.

 

 

 

 

 

Spectra Library 생성

• DDA raw 파일을 Proteome Discoverer 2.4 로 검색후 output 파일을  Spectronaunt 로 Spectra library를 만듭니다. 
• 동일한 DDA raw파일을 Spectronaunt 의 Pulsa 을 이용하여 Spectra library를 만듭니다.
• PD2.4와 Spectronaunt Pulsa에서 각각 144789, 143866 Precusor 가 생성되었습니다.

 

DIA 분석

• 8개의 DIA 파일을 Spectronaunt 를 이용하여 앞의 두 Spectra library 와 directDIA 를 이용하여 분석합니다.

비교결과

아래는 각각의 분석에 얻어진 단백질 및 펩타이드 수입니다.  Spectronaunt 의 정량분석 파라미터에서 Qvalue Complete 를 사용하였습니다(Missing value는 모두 제거). 이전글 참조

[Biognosys spectronaut] DIA normalization Setting

 

아래 그래프에서 보는바와 같이 Spectra library 없이 검색한 directDIA 결과에서 가장 많은 단백질과 펩타이드가 검출되었습니다. 예상과는 달라서 약간 놀랍습니다. 

 

관련글]DIA분석(QE)에 있어서 m/z 500-900 과 mz 400-1000 검색구간에 따른 결과 차이

관련글] Skyline의 DIA method 설정에서 Window 수와 Optimize window placement 에 따른 비교 분석 (QE-HF)

관련글] 적은수의 펩타이드를 정량분석에 있어서 PRM과 DIA 분석법 비교

관련글] PRM / DIA 정량분석법의 최적화를 위한 peak point 찾기 (실제 데이타)

관련글] PRM / DIA 정량분석법의 최적화를 위한 peak point 찾기

관련글] Rat Brain Tissue DIA, Spectonaut directDIA, spectra-library based vs Gas-phase Fractionationed based EncyclopeDIA

관련글] Biognosys Spectonaut directDIA vs Gas-phase Fractionationed based EncyclopeDIA

관련글] Spectronaut의 direct DIA 분석 검증(Human plasma &Achilles tendon)

관련글] Spectronanut의 directDIA 분석과 Spectra library 기반의 정량분석 비교

관련글] Biognosys Spectronaut 의 Pulsa, directDIA를 이용한 DIA 검색능력 비교

관련글] Biognosys 사의 Spectronaut Pulsar의 DirectDIA 분석 (without Spectra library)

관련글] Biognosys 의 Spectronanut Pulsar 프로그램을 이용한 Spectra library 만들기

관련글] DIA Spectra library를 위한 Spin-column 형태의 hpRP, SCX, and HILIC 기반 펩타이드 분획

관련글] EncyclopeDIA, Spectronaut, PD2.4 with Overlap & non-Overlap DIA and DDA analysis

관련글] Overlap DIA 파일을 HTRMSConverter 로 변환하여 Spectronaut 분석하는 방법

관련글] EncyclopeDIA 을 이용한 DIA 단백질 정량분석 

관련글] [Biognosys spectronaut] DIA 분석에서 Spectra library에 따른 단백질 검출차이

관련글] [Biognosys spectronaut] Configure condition 설정

관련글] Spectronaut 의 directDIA 분석과 Spectra library 기반의 정량분석 비교

관련글] Spectronaut 의 direct DIA 분석 검증(Human plasma &Achilles tendon)

관련글] [Biognosys spectronaut] DIA normalization Setting (Ovalbumin DIA 정량분석)EncyclopeDIA, Spectronaut, PD2.4 with Overlap & non-Overlap DIA and DDA analysisEncyclopeDIA, Spectronaut, PD2.4 with Overlap & non-Overlap DIA and DDA analysis