MS2 스펙트럼에 Precursor ion 피크가 높은 비율로 존재할때

앞에서도 설명한바 있습니다.  장비를 사용하다 보면 MS2 스펙트럼에 precursor ion이 높은 높이로 존재할때가 있습니다. 전체적으로 일어날수도 있으며 또한 부분적으로 일어날수도 있습니다. 아마 장비자체의 문제로 인해 fragmentation이 효율적으로 되지 않을때 일어나는것 같습니다. 엔지니어를 통해 조치를 받아야 되는 경우입니다.

 

 

미리 문제는 파악하고 조치를 하면 상관없겠으나 분석이 모두 끝난후 데이타를 점검하는 과정에서 확인하는 경우가 많습니다. 장비의 Fragmentation에 문제가 있으니 조치를 하고 다시 분석할수 있습니다. 하지만 이것은 상당한 시간이 요구됩니다. 그래서 보통 HCD NCE 값을 약간 증가시킨후 분석할 수 있습니다. 

 

하지만  DDA분석에서는 검출되는 단백질/펩타이드의 수에는 큰 차이가 없습니다.  특별한 경우가 아니면 굳이 다시 분석을 할 필요는 없을듯합니다. 아래는 기본값인 NCE 27에서 precursor ion이 정상적으로 fragmentation 이 되지 않는 조건에서 NCE 30 과 33에서 분석한 크로마토그램입니다. 200 ng HeLa standard digest를 사용하였습니다.

검출된 단백질 과 펩타이드 수는 아래와 같습니다.

 

 

실제 검출된 단백질과 펩타이드의 수에는 큰 차이가 없습니다. 아마 높이는 달라도 product ion들이  존재하면  database 검색시 큰 문제가 없는것 같기도 합니다.  하지만 TMT 분석에서는 아마 큰 영향을 줄수 있을것이라 생각합니다. 충분히 fragmentation이 되지 않은면 reporter ion의 검출/정량에 영향을 줄 수 있습니다.  실험의 중요성을 감안하여 필요없이 재 분석을 안해도 됩니다.