알고 있지만 설명하기가 어려운것들이 있습니다. 가끔씩 Proteome Discoverer 가 좋으냐 MaxQuant가 좋으냐 고 물어봅니다. 사실 물어보는 사람들은 이 두 프로그램을 거의 사용해 보지 않은 사람들이 많습니다. 둘중 하나에 대해 정답을 찾을려고 합니다. 아이폰이 좋은냐 삼성 갤럭시가 좋은냐라고 물어보는것과 유사한것 같습니다. 사용해본 사람들은 자신이 좋아하는것이 어떤것인지 알수 있을껍니다. 절대적인 기준이 아니라 자신의 선호도에 따라 달라집니다.
MaxQuant는 무료이지만 어느 사용 프로그램에 비해서 뒤쳐지지 않습니다. 오히려 더 좋은 부분도 많습니다. 산출되는 결과가 txt 파일로 생성되기 때문에 다른 추가적인 통계분석 프로그램에도 문제없이 상요할수 있습니다. 그래서 논문에 나오는 많은 무료 프로테오믹스 통계프로그램도 MaxQuant 결과 파일을 바로 입력하여 사용할수 있게 만듭니다.
저는 거의 Proteome Discoverer만을 사용해 왔습니다. 왜냐하면 처음부터 사용하였기 때문에 익숙해서 입니다. 한가지 좋은 점중 하나는 얻어진 결과 파일에서 매칭된 펩타이드의 스펙트럼을 쉽게 볼 수 있기 때문입니다. PTM 분석등 수작업으로 검증이 필요할때 편합니다.
최근에 MaxQuant과 Proteome Discoverer를 비교한 논문을 읽었습니다. MS1-based lable-free Quantitation에 국한해서 여러가지 방법을 비교했습니다.결과는 거의 비슷한데 Proteome Discoverer가 약간 좋은것 처럼 서술되어 있습니다.
왜 Proteome Discoverer를 더 선호하냐고 물어볼 경우 줄 수 있는 논문중 하나가 되겠네요
J Proteome Res. 2021 Jul 2;20(7):3497-3507.
Comparative Evaluation of MaxQuant and Proteome Discoverer MS1-Based Protein Quantification Tools
Comparative Evaluation of MaxQuant and Proteome Discoverer MS1-Based Protein Quantification Tools - PubMed
MS1-based label-free quantification can compare precursor ion peaks across runs, allowing reproducible protein measurements. Among bioinformatic platforms enabling MS1-based quantification, MaxQuant (MQ) is one of the most used, while Proteome Discoverer (
pubmed.ncbi.nlm.nih.gov
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