DIA experiments with noFAIMS vs FAIMS?

이전글에 FAIMS를 이용한 DIA 분석에 대해서 간단히 설명하였습니다. 언급했듯이 FAIMS를 이용한 DIA에서는 각 CV값별로 분석시간이 요구됨으로 Cycle time 관점에서 보면 단점이 있습니다. 하지만 반대로 complexity를 줄여서 감도를 향상시키는 장점이 있습니다. 둘 중에 효과가 큰것에 따라 장점이 될수 있고 단점이 될수 있을 듯합니다.

 

앞으로의 DIA분석에서 FAIMS를 사용해도 될지 결정하기 위해서 간단히 비교실험을 해보았습니다. 

Promega사의 K562 를 tryptic digestion후 2ug을 각각 3번 주입하였습니다. No FAIMS와 FAIMS에서의 질량분석기 파라미터는 기존의 실험에서 최적화한것을 각각 사용하였습니다. 모두 8 data-points 이상을 가지는 조건으로 하였고 FAIMS의 경우 두 개의 CV 값을 사용하였습니다.

 

• Sample: 2 µg K562 digest
• Column: ES902 Easy Spray column (75 µm x 250 mm, 2 µm C18) with a trap column
• LC gradient: 2 hours

 

 

 

Base-peak Chromatograms

아래는 FAIMS를 장착하지 않은 상태에서 얻어진 크로마토그램입니다.

 

 

아래는 FAIMS를 장착한 상태에서 얻은 크로마토그램입니다.

 

 

 

Protein and Peptide #

아래 그래프는 검출된 단백질과 펩타이드의 수입니다.  두 실험에서 모두 평균 8 data-points 이상을 가졌습니다.  결과는  FAIMS가 승리하였습니다.  FAIMS에서 두 개의 CV값을 사용시 cycle time이 줄어드는것보다 감도의 향상의 효과가 훨씬 더 크다는것을 알 수 있습니다. 이전 FAIMS실험에서는 6,000개이상의 단백질이 검출되었는데 이번에는 조금 적게 검출이 되었습니다. 아마 장비를 계속사용하고 있어서 그런것 같습니다.