Orbitrap Eclipse MS1 resolution 에 따른 검출수

Full scan의 Resolution은  단백질/펩타이드의 검출수에 크게 영향을 주지 않는듯합니다.  Resolution이 높아지면 그만큼 시간이 많이 소요되기 때문에 검출수는 줄어들것이라고 생각합니다.  하지만 장비의 성능이 점차 좋아지고 있어서 Resolution이 증가되더라도 큰 감도에 큰 영향을 주지 않습니다.  오래전의 Orbitrap 장비의 경우 MS1의 resolution이 120K에서는 상당한 시간이 소요되어서 가능하면 60K를 사용하였습니다. 하지만  최근장비들은  120K 이상의 resolution을 사용하고 있습니다.

 

 

높은 Resolution은  Precursor ion의  charge state를 구분하는데 큰 도움을 줍니다. 특히 피크의  intensity가 낮거나  다른 peak들과 섞여 있을때, background 피크들과 혼합되어 있을때 큰 역활을 합니다. 이것은 결국 펩타이드를 검출하는데 도움을 줍니다. Charge state를 정확히 알아야 molecular weight를 정확히 계산할수 있습니다.   그러므로 시료가 아주 complex할 경우는 resolution을 낮추어서  duty cycle을 낮추는것보다 resolution 을 증가시켜서 검출의 정확성을 높이는것이 더 도움을 줄때가 있습니다. 

 

아래는 Obitrap Eclipse에서 FAIMS를 장착한후  60K, 120K, 240K MS1 resolution 에서 60min와 120min  LC gradient에서 각각 검출한 200ng  HeLa  standard의 단백질/펩타이드 수입니다.  그래프에서 보듯이 resolution이 증가하더라도 검출수가 줄어들지 않습니다. 비록 많은 수는 아니지만 Resolution이 증가할수록 조금씩 증가하였습니다.  혹시 다른 조건을 모두 최적화 하였다면 MS1 resolution을 증가시켜서 검출수가 증가되는지도 확인해보면 좋을듯합니다.  또한 Resolution을 증가시켜도 검출수가 감소되지 않는다면 높은 resolution을 사용하는것이 좋을수도 있습니다. 종종 Manual 방식으로 MS1 피크들을 확인해야 할때 도움이 됩니다.