앞에서 FAIMS의 GPF에 대한 예로 Mouse Brain Tissue에 대한 결과입니다.
FAIMS만으로 펩타이드 분획하기 (tistory.com)
FAIMS만으로 펩타이드 분획하기
FAIMS를 장착한후에는 기존에 사용하던 Spin-column high-pH fractionation를 잘 사용하지 않게 되었습니다. FAIMS의 Gas-Phase Fractionation으로도 효과있는 분획이 되기 때문입니다. 물론 HPLC장비를 이용한 분획
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이 방법으로 약 10,000개 단백질을 검출할 수 있었습니다. 아래는 Workflow입니다.
GPF와 120min OTOT DDA로 10,027개의 단백질이 검출이 되었습니다. 사용된 장비는 Vanquish Neo와 Orbitrap Eclipse입니다.
펩타이드 시료를 한개의 Autosampler vial에 두고 분석하였기에 Protein digestion 이후 분석시간은 약 하루정도 소요된 것 같습니다. Stage-tip으로 분획을 할 경우 소요되는 분획시간과 분획과 더불어 농축하는 시간이 줄어들었습니다. 분획시에는 시료 손실을 감안해서 보통 처음에 많은 양으로 시작합니다. 하지만 GFP는 그냥 Vial에 있는 시료를 사용하기에 시료의 손실이 없습니다. 또한 분석당 약 1~2ug 사용하기 때문에 50ug정도의 시료만 있다면 전과정을 2~3정도 할 정도의 양이 됩니다. 즉 분석 중에 오류가 있어도 다시 시작할 수 있습니다.
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