Proteome Discoverer 2.5 버젼부터 INFERYS mode가 추가하여 단백질 및 펩타이드의 수를 상당히 증가 시킬수 있습니다. 동일한 LC-MS/MS 결과에서 검색시 INFERYS를 추가하는것만으로 상당한 혜택이 있습니다.
INFERYS를 이용한 Spectra-library 생성과 MSPep search (tistory.com)
하지만 INFERYS는 검색시 몇가지 조건이 있습니다. 펩타이드의 길이가 30개까지만 제한이 있으며 PTM의 수도 제한적입니다. 만약 제한된 수보다 많은 검색 옵션을 첨가하면 아래와 같이 오류 메세지가 나오게 됩니다.
일반적인 단백질/펩타이드 검출시는 이것이 큰 문제가 되지 않습니다. 긴 펩타이 드의 검출의 기회를 놓치더라도 다른 펩타이드의 검출 가능성이 더 높기 때문입니다.
하지만 특별한 경우에는 INFERYS의 사용에 대해서 신중해야 될듯합니다. PTM 분석이 중요하거나 혹은 검출하기 원하는 시퀀스 영역이 trypsin에서 아주 긴 펩타이드로 형성될때 입니다. 이 경우 INFERYS로 분석을 할수가 있습니다.
아래는 30개이상의 아미노산의 펩타이드와 Trimethyl이 붙은 펩타이드의 MS2 스펙트럼입니다. 제가 아는 한은 이 페밭이드들은 INFERYS에서 검출할수 없습니다. INFERYS node를 제거한후 검색이 되었습니다.
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