PreOmics Plasma and Serum Enrichment Kit (Enrich-iST)-Human

한국에 있을띠 Plasma 을 이용한 실험을 꽤 오랫동안 했었습니다.   Human Plasma Proteome Project에도 참여하기도 하였습니다. 이전에 Agilent 의 MARS 컬럼도 저희 팀에 Prototype 을 사용하여 본사측에 데이타를 주곤했습니다.

 

오랫동안 Antibody를 이용한  high abundant depletion이 상당히 유행했지만 어느순간 잘 사용하지 않습니다.  많은 문제점들이 발견되었기 때문이지요.   최근에는 Antibody가 아닌 방법으로 Enrichment 하는 기술들이 소개되고 있습니다.. 또한 질량분석기의 감도가 발전하면서 High-abundant proteins이 존재하더라도 많은 low abundant protein을 검출할수있습니다.

 

차후 Plasma 연구를 위한 계획을 세우면서 손쉽게 사용할수있는 Kit를 구매해서 테스트를 해보았습니다.

 

ENRICH-iST kit - Optimizing serum and plasma sample preparation for wider proteome profiling | PreOmics

ENRICH-iST kit - Optimizing serum and plasma sample preparation for wider proteome profiling | PreOmics

 

• 사람의 혈액을 이용하여 Kit를 Enrichment한것과 하지 않은것을 각각 분석해보았습니다.

• 일단 Enrichment한 시료를 Orbitrap Eclise FAIMS를 이용하여 Gas-Phase Fractionation으로 Profiling을 했습니다.
• -30V~-80V사이에서 5V  간격으로 총 11개의 분석을 하되 OTOT와 OTIT로 분석한후 PD3.1과 CHIMERYS2.0으로 분석하였습니다. 아래는 총 검출된 단백질과 펩타이드입니다. 예사외로 OTOT에서 더 많은 단백질이 검출되었습니다. 아마 CHIMERYS 는 OTOT에 더 최적화 되어 있는것 같습니다.

 

 

• 아래 그래프는 Enrichment를 한것과 하지 않은 시료를 DIA로 분석한후 얻어진 단백질과 펩타이드 수입니다. 큰 차이는 보이지 않지만 그래도 Kit를 사용후 더 많은 단백질이 검출되었습니다. 보통 Plasma의 경우 이 정도 수의 증가는 괜찮은 결과 일 수 있습니다. 
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• 본사 홈페이지에서는 약 2배정도의 단백질이 더 검출된다고 나와있습니다. 물론 업체에서 홍보용 결과이기 때문에 추가 검증은 필요할것 같습니다.

 

 

 

• Volcano Plot입니다.  동일한 시료를 사용하였지만 단백질의 양의 변화가 많습니다. Enrichmet되는 과정에서 단백질의 상대적인 양이 많이 변하였다는것을 알수 있습니다.

 

• Heatmap 결과입니다.

   

 

처음 테스트한 결과라서 결론은 낼수가 없습니다. Kit로 판매되기 때문에 유저가 최적화를 할 필요는 없는것 같습니다.

몇번더 실험하면 대략적으로  몇개의 단백질이 검출될수 있다는것을 알수 있을듯합니다.