BSA4 Vanquish Neo/Orbitrap Eclipse 장비 QC를 위한 컬럼 새로 산 장비인만큼 처음부터 QC 프로토콜을 잘 세워야 될것같습니다. 그리고 처음 구매한 장비에서 최대한 Reference data 를 많이 확보해놓아야 합니다. 이것은 차후 장비에 이상이 있을때 비교해 볼 때 아주 유용합니다. 그러므로 최대한 좋은 시스템조건에서 분석을 해야 합니다. 어떻게 셋팅을 할까 생각을 해보았습니다. 1. 좋은 컬럼 그러나 너무 좋으면 안됨 좋은 장비에서 좋은 결과를 얻기 위해서는 좋은 컬럼이 필요합니다. 하지만 QC의 경우 자주 사용해야 함으로 너무 좋은 컬럼은 안될것 같습니다. 즉 Particle size가 너무 적고 길이가 긴 컬럼은 QC 과정에서 종종 막히는 경우가 있습니다. QC 분석은 아무래도 위험성이 적은것이 좋을것 같습니다. 2. 재현성 장기간에 걸쳐서 자주 사용해.. 2022. 2. 23. BSA를 이용한 Disulfide-linked Peptides 검출법 종종 Disulfide-linked Peptides 분석에 대한 의뢰가 들어옵니다.. 하지만 disulfide bond 펩타이드 profiling 분석은 일반 분석서비스로 진행하기가 아직은 어렵습니다. 기존의 Database program으로 자동검색이 거의 불가능합니다. 또한 ETD와 같은 특별한 Fragmentation 모드가 필요하지만 만 최적화하기도 쉽지 않습니다. 만약 이미 예상한 Disulfide-linked Peptides 가 있을 경우에는 이를 확인하는 차원에서는 가능합니다. 왜나하면 각각의 펩타이드의 m/z 값을 알고 있으면 수작업으로라도 확인할수 있기 때문입니다. 아무튼 차후 분석의 최적화를 위해서 간단히 테스트를 해보았습니다. 기존 논문의 BSA를 이용한 연구결과를 참고 하였습니다. .. 2020. 4. 17. Standard BSA digest 로 LC 장비, 컬럼, 질량분석기 상태확인는 법 간단한 방법으로 장비상태를 확인하여 최적의 장비상태를 유지하기 항상 최적의 장비상태로 분석을 하면 얼마나 좋을까 생각합니다. 하지만 어쩔수 없이 일정 시간이 지나면 장비의 감도는 떨어지게 마련이며 그때 마다 장비를 분해해서 클리닝을 할 수도 없습니다. 이러한 상황에서 실험을 하다 보면 장비의 감도가 얼마나 되는지 모르는 상태에서 분석을 하게 됩니다. 실험이 끝난후에야 알게 되면 더욱 난처합니다. 결과가 좋지 않아서 시료의 탓을 하게 되는 경우도 있습니다. 이러한 이유로 장비의 상태를 매일 확인하는것은 귀찮은 일이지만 필수적인 업무입니다. 실험실마다 장비의 상태를 체크하는 방법이 있을것입니다. 그중에 Standard BSA (New England BioLabs, P8108S)를 이용하여 매일의 장비 (na.. 2020. 4. 5. Immunoprecipitation 이후 질량분석을 위한 시료 전처리 방법 (Sample preparation of IP elution for MS analysis) IP이후 단백질 분석을 위해서는 얼마만큼의 양이 필요한가? (Co)-Immunoprecipitation (IP) 혹은 Pull-down 이후 질량분기를 통한 단백질 분석은 특정 단백질을 검출하는 방법중 가장 감도가 높은것중에 하나입니다. 이 실험의 성공여부는 질량분석전 특정 단백질을 얼마나 순수하게 잘 정제하느냐가 관건입니다. 이 부분은 IP/Pull-down을 수행하는 사람이 최적화를 할 수 밖에 없습니다. 이 이후 질량분석기로 분석하기 전에 가장 많이 받는 질문이 " 필요한 양" 입니다. 간단히 말하자면 "많을 수록 좋다(The more, the better)" 입니다. 하지만 의뢰자는 보다 정확하게 알기를 원합니다. 그러나 IP 수행후 Elution buffer 안의 단백질 양을 정확히 알기가 어렵.. 2020. 4. 2. 이전 1 다음
