CHIMERYS5 Low-Resolution MS2 스펙트럼에 대한 CHIMERYS의 MS2 tolerance CHIMERYS는 여러 개의 peptide가 혼합 되어있는 MS2에서 각각의 펩타이드를 찾아낼 수 있습니다. 그러므로 High-resolution MS2 스펙트럼을 사용할 때 효과가 극대화됩니다. 복잡한 MS2 스펙트럼에서 정확히 각각 펩타이드에 해당하는 피크들을 잘 구별해낼수 있기 때문입니다. 하지만 Low-resolution MS2의 경우는 이것이 불가능합니다. 검색시 low-resolution의 경우 대략 0.5 Da정도의 tolerance를 사용하기 때문에 명확히 구별해 낼 수가 없습니다. Tolerance를 조금더 낮추면 효과가 있을까요? 오히려 검출되는 수가 줄어들지느 않을까요? 개인적으로 SEQEST를 이용한 검색에서는 보통 0.6Da를 사용합니다. 이유는 잘 모르겠지만 이전에 이 값이 가장.. 2022. 12. 12. OTOT 와 OTIT DDA에서의 CHIMERYS의 효과 일반적으로 복잡한 시료의DDA분석에서 한개의 MS2 스펙트럼에는 한 개 이상의 펩타이드의 fragment ions이 들어가 있습니다. 하지만 기존의 Database 검색에서는 섞여 있는 MS2 스펙트럼 중에 가장 Major한것만을 찾아내는 경향이 있습니다. CHIMERYS는 이러한 섞여 있는 MS2 스펙트럼에서 각각의 펩타이드를 찾아낼 수 있는 능력이 있습니다. 100ngHeLa를 1.6Da isolation OTOT와 OTIT에서 얻어진 결과를 SEQUEST와 CHIMERYS로 각각 분석했을 때 얼마만큼의 단백질과 펩타이드의 수가 증가되는지 확인해보았습니다. 1.6 Da isolation은 보통 DDA에서 분석할때 사용하고 있습니다. 이론적으로 CHIMERY는 OTOT 분석에 최적화 되어 있습니다. M.. 2022. 12. 10. CHIMERYS Webinar Hidden Traces – Using Chimeric Spectra To Boost Protein Identification Rates (technologynetworks.com) Hidden Traces – Using Chimeric Spectra To Boost Protein Identification Rates In this webinar, we explore how the CHIMERYS intelligent search algorithm gives us a handle to elucidate the hidden traces within chimeric spectra . We’ll also discuss how CHIMERYS increases instrument efficiency and pr.. 2022. 12. 1. CHIMERYS 검색엔진 테스트 (100ng HeLa std, Eclipse) CHIMERYS를 Proteome Discoverer 3.0에 연동시킨후 이전 실험데이타로 간단히 테스트를 해보았습니다. 이전글: Proteome Discoverer 3.0에 CHIMERYS 설치 완료 (tistory.com) Proteome Discoverer 3.0에 CHIMERYS 설치 완료 11월 중순인데 미시간에는 벌써 눈이 엄청오기 시작했습니다. 아이들 학교도 닫았고 저도 그냥 집에서 일을 하고 있습니다. 그 와중에 드디어 CHIMERY account를 받았습니다. 이제 두대의 workstation에 proteomicstechnology.tistory.com 100ng HeLa 를 이용하여 Orbitrap Eclipse (1hr LC gradient, OTIT, FAIMS) 로 분석한 결과를 .. 2022. 11. 24. Proteome Discoverer 3.0에 CHIMERYS 설치 완료 11월 중순인데 미시간에는 벌써 눈이 엄청오기 시작했습니다. 아이들 학교도 닫았고 저도 그냥 집에서 일을 하고 있습니다. 그 와중에 드디어 CHIMERY account를 받았습니다. 이제 두대의 workstation에 PD 3.0 와 CHIMERYS를 각각 설치를 완료하였습니다. Account를 받는데 왜 몇개월이 걸린지는 모르겠습니다. 특별한 설명도 없어서 이 부분은 Thermo 측에 아쉬움이 있습니다. 아무튼 포탈에 로그인을 하니 사용가능한 시간이 나옵니다. CHIMERYS User Portal (thermoscientific.com) Proteome Discoverer에서도 로그인을 하였습니다. 처음에 빨간색으로 보이던것이 로그인후 초록색으로 바뀌었습니다. 아래는 CHIMERY의 Default Pr.. 2022. 11. 20. 이전 1 다음
