DDA2 Orbitrap Eclipse Data-Indepenant Acquisition-Cycle time vs Top N Exploris480을 설치한후 테스트한것과 동일하게 Orbitrap Eclipse장비에서도 몇가지 테스트를 해보았습니다. 장비의 기능이 향상이 되어서 그런지 특별히 분석조건 최적화하지 않아도 늘 좋은 결과가 나오는것 같습니다. 그리고 주입되는 시료의 양과 Complex가 다양하기 때문에 모든 실험에 적용될수 있는 최적의 방법을 찾는것은 불가능합니다. 아주 특정한 실험에는 그에 맞게 최적화를 따로 해야 됩니다. 간단하게 Data-dependent acquisition에서 Cycle time 과 Numbers of Scan (Top N) 방법을 비교해보았습니다. 일단적으로 가장 많이 사용하는 Cycle time 2 와 Top 20, 30, 40를 비교했습니다. 아래는 100ng HeLa 에 대해 OT-OT.. 2022. 2. 28. Short LC gradient에서 DDA 의 Top N 수 설정 동일한 조건에선 LC gradient 의 시간과 검출되는 펩타이드의 수는 비례합니다. 물론 일정 길이 이상으로 증가되면 새롭게 검출되는 펩타이드 수는 현저이 줄어듭니다. 분석할 시간에 제한이 없으면 최대한 LC gradient 시간을 늘여서 분석하는것이 좋겠지요. 하지만 제한된 시간안에서 최대한 많은 시료의 수를 분석해야 될 경우는 시료의 수나 LC gradient 시간 둘 중에 하나를 줄여야 됩니다. 의뢰가 들어온 시료의 수를 줄일수는 없음으로 LC gradient를 줄일수 밖에 없습니다. Complex 시료의 경우 LC gradient가 줄어들게 되면 검출되는 펩타이의 수가 줄어들게 됩니다. 하지만 이것을 어느정도 보상해 줄 수 있는 방법이 있다면 좋겠습니다. 이럴때 DDA에서 높은 수의 TOP N .. 2020. 9. 6. 이전 1 다음
