Orbitrap Eclipse Data-Indepenant Acquisition-Cycle time vs Top N

Exploris480을 설치한후 테스트한것과 동일하게 Orbitrap Eclipse장비에서도 몇가지 테스트를 해보았습니다. 장비의 기능이 향상이 되어서 그런지 특별히 분석조건 최적화하지 않아도 늘 좋은 결과가 나오는것 같습니다.  그리고 주입되는 시료의 양과 Complex가 다양하기 때문에 모든 실험에 적용될수 있는 최적의 방법을 찾는것은 불가능합니다. 아주 특정한 실험에는 그에 맞게 최적화를 따로 해야 됩니다.

 

간단하게 Data-dependent acquisition에서 Cycle time 과 Numbers of Scan (Top N) 방법을 비교해보았습니다.

 

 

일단적으로 가장 많이 사용하는 Cycle time 2 와 Top 20, 30, 40를 비교했습니다. 아래는 100ng HeLa 에 대해 OT-OT 와 OT-IT에서 각각 검출된 단백질과 펩타이드의 수입니다.  각 Mode에서 Cycle time 과 TOP N에 대해 차이가 거의 없습니다. 이 결과는 어디까지나 100ng HeLa standard를 60min 길이로 분석했을때의 결과입니다. 다른 양, 다른조건이면 달라질수도 있을듯합니다.  

 

사실 이렇게 테스트를 해보는것은 최적화 방법을 찾기보다는 특별히 조건을 바꾸어도 결과에 차이가 없는것을 확인하기 위해서 입니다. 차후에 더 좋은 결과를 위한 방법을 찾을때 불필요한 시간낭비를 줄일수 있습니다.

 

• OT-OT Mode

 

• OT-IT Mode

 

아래 표는 각 Mode에서 주어진 시간에 얼마큼의 scan이 이루어졌는지 보여줍니다.  표에서 보듯이 각 Mode에서 대부분 최대의 scan # 까지 수행이 되었습니다.  Cycle 2s에서는 거의 50개의 MS/MS까지 수행된 경우가 많습니다. 아마 각 스펙트럼에서 peak들이 최대의 scan #가 될 정도로 충분히 Intensity가 높고 많았다는것 같습니다. 아마 매우 적은양으로 실험을 하면 결과는 약간 달라질듯 합니다.

 

 

아래는 LC 시간별로 수행한 최대 Scan # 입니다. 대부분의 펩타이드가 용리되는 시간에서 최대의 scan #까지 수행이 되었습니다.