QC5 Vanquish Neo/Orbitrap Eclipse 장비 QC를 위한 컬럼 새로 산 장비인만큼 처음부터 QC 프로토콜을 잘 세워야 될것같습니다. 그리고 처음 구매한 장비에서 최대한 Reference data 를 많이 확보해놓아야 합니다. 이것은 차후 장비에 이상이 있을때 비교해 볼 때 아주 유용합니다. 그러므로 최대한 좋은 시스템조건에서 분석을 해야 합니다. 어떻게 셋팅을 할까 생각을 해보았습니다. 1. 좋은 컬럼 그러나 너무 좋으면 안됨 좋은 장비에서 좋은 결과를 얻기 위해서는 좋은 컬럼이 필요합니다. 하지만 QC의 경우 자주 사용해야 함으로 너무 좋은 컬럼은 안될것 같습니다. 즉 Particle size가 너무 적고 길이가 긴 컬럼은 QC 과정에서 종종 막히는 경우가 있습니다. QC 분석은 아무래도 위험성이 적은것이 좋을것 같습니다. 2. 재현성 장기간에 걸쳐서 자주 사용해.. 2022. 2. 23. RawBeans: A Simple, Vendor-Independent, Raw-Data Quality-Control Tool 최근에 QC 를 위한 툴이 소개 되었습니다. RawBeans: A Simple, Vendor-Independent, Raw-Data Quality-Control Tool 이전의 Thermo 에서 만든 rawMeat를 생각나게 하는 이름입니다. 이 툴을 이용하여 Thermo 장비에서 얻은 결과에 대해서 검색없이 다양한 정보를 얻을수 있었지만 현재는 업데이트가 되지 않아서 사용이 안되는것으로 알고 있습니다. 이전글에 QC를 위한 툴인 PTXQC 소개한바 있습니다. 시스템 상태와 분석법 최적화를 위한 QC 검증 툴-Proteomics Quality Control (PTXQC) RawBeans에서 얻어진 결과는 PTXQC에서 얻어진것과 동일한 형태인 html 파일로 보여지며 또한 제공되는 정보도 유사합니다. 하.. 2021. 9. 1. 시스템 상태와 분석법 최적화를 위한 QC 검증 툴-Proteomics Quality Control (PTXQC) 최근에 QC용으로 사용하는 프로그램을 소개하고자 합니다. 2016년에 발표된 논문입니다. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26653327/ Proteomics Quality Control: Quality Control Software for MaxQuant Results, J Proteome Res . 2016 Mar 4;15(3):777-87 개요 MaxQuant를 통해 얻어진 결과를 분석하여 다양한 그래프로 보여줍니다. 특별히 dragNdrop 기능은 특별히 사용자가 프로그램을 오픈할 필요가 없이 그냥 MaxQuant의 결과 폴더를 drag만 하면 자동으로 결과를 보여줍니다. 컴퓨터 언어를 전혀모르는 사람도 마우스만 움직일수 있으면 가능합니다 설치파일과 설명은 아래와 같습니다.. 2021. 8. 25. Promega 6 × 5 LC-MS/MS Peptide Reference Mix 를 이용한 시스템 QC 시스템 QC 용으로 Promega사의 6 × 5 LC-MS/MS Peptide Reference Mix 를 구매하여 테스트 하였다. 일반적으로 System Suitability 체크용 Standard 펩타이드의 경우 서로 동일한 농도를 가지는 서로 다른 펩타이드 의 Mixture이다. 혹은 일련의 서로 다른 농도를 가지는 서로 다른 펩타이드의 경우도 마찬가지이다 그러나 Promega 6 × 5 LC-MS/MS Peptide Reference Mix 는 6가지의 서로 다른 펩타이드를 가지며 동일한 펩타이드에 5가지 서로다른 농도의 heavy isotope이 포함되어 있다.. 즉 한번의 시료 주입으로 LC 시스템, 컬럼상태, 질량분석기의 Sensitivity와 Dynamic range 동시에 체크가 가능하다.. 2020. 4. 15. Standard BSA digest 로 LC 장비, 컬럼, 질량분석기 상태확인는 법 간단한 방법으로 장비상태를 확인하여 최적의 장비상태를 유지하기 항상 최적의 장비상태로 분석을 하면 얼마나 좋을까 생각합니다. 하지만 어쩔수 없이 일정 시간이 지나면 장비의 감도는 떨어지게 마련이며 그때 마다 장비를 분해해서 클리닝을 할 수도 없습니다. 이러한 상황에서 실험을 하다 보면 장비의 감도가 얼마나 되는지 모르는 상태에서 분석을 하게 됩니다. 실험이 끝난후에야 알게 되면 더욱 난처합니다. 결과가 좋지 않아서 시료의 탓을 하게 되는 경우도 있습니다. 이러한 이유로 장비의 상태를 매일 확인하는것은 귀찮은 일이지만 필수적인 업무입니다. 실험실마다 장비의 상태를 체크하는 방법이 있을것입니다. 그중에 Standard BSA (New England BioLabs, P8108S)를 이용하여 매일의 장비 (na.. 2020. 4. 5. 이전 1 다음
