전체 글552 5.5 cm High-Throughput µPAC Neo HPLC Column 최근에 50cm Neo µPAC column으로 30 min DIA 분석법을 셋팅했습니다. PRM 분석법의 경우 매우 감도가 좋기때문에 더 짧은 시간을 사용해도 좋습니다. 단 검출하고자 하는 펩타이드가 상대적으로 존재량이 높아야 겠지요. 대량의 시료를 분석해야 하는 실험을 대비해서 아주 짧은 시간의 PRM 분석법을 만들었습니다.이번에는 5.5 cm High-Throughput µPAC Neo HPLC Column 을 사용했습니다.https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/COL-LOLO050NEOB 최근에 µPAC Neo HPLC column이 업그레이드 되면서 새로운 모델이 나왔습니다. 그래서 기존의 컬럼은 웹상에서 보이지는 않습니다. 하지만 계속 판매는.. 2025. 9. 4. MS1 Data Type (Profile vs Centroid) 지금까지 알기로는 MS1 Data type의 경우 Centroid보다는 Profile로 하는것이 좋다고 알고 있었습니다. 이유는 잘 기억이 나지 않습니다. 최근에 세미나에서 들은바로는 두 방법에서 큰 차이가 없다는 것입니다. 검색 프로그램 회사에 물어봐도 아마도 차이가 없을것이라고 합니다. 물론 Metabolic labeling 같이 MS1 peak에 의존해서 정량분석을 해야할때는 영향이 있을수도 있을듯합니다. 하지만 보통의 DDA나 DIA분석에서는 크게 영향이 없을것이라 생각합니다. Raw 파일의 사이즈가 워낙 크다 보니깐 필요한 server의 용량도 계속 증가되는것 같습니다. Centroid와 Profile 모드에서 파일 사이즈가 꽤 차이가 납니다. 하지만 DDA (Proteome Disc.. 2025. 9. 3. Vanquish Neo Autosampler Pressure Issue 압력값은 시스템을 점검하는데 중요한 요소입니다. Vanquish Neo 시스템에서 시료가 주입되고 나면 Autosampler의 Washing이 이루어집니다. 이때 나타나는 압력그래프를 통해 Autosampler안의 부품들의 상태를 측정할수 있습니다. 이전글에 Needle seat가 오염되었을때 나타는 압력그래프에 대한 내용이 있습니다.https://proteomicstechnology.tistory.com/search/Needle%20seat#google_vignette 최근에 또 다른 문제가 있었습니다. 아래 그램의 중간에서 보듯이 정상압력 그래프가 아닙니다. 엔지니어가 와서 여러 부품을 바꾸었지만 향상되지 않았습니다. 그럼에도 불구하고 크로마토 그래프는 정상적으로 나왔습니다. Autos.. 2025. 8. 16. 30 min DIA with 50 cm µPAC Neo column DIA 분석 방법의 시간 단축을 위한 최적화현재 실험에서는 약 8,000개의 단백질이 안정적으로 검출되고 있어, 단백질 수를 더 늘릴 필요성은 크지 않습니다. 그러나 앞으로 대량의 샘플을 분석해야 하는 프로젝트가 논의되고 있는 상황에서, 분석 시간을 단축하는 방향으로 DIA 분석법을 최적화할 필요가 생겼습니다. 특히, 단백질 수가 다소 줄더라도 짧은 LC 시간을 통해 효율적인 분석을 구현하는 것이 목표입니다. 요즘 장비 (TimsTOF or Astral)의 경우 매우 짧은 시간으로 분석이 가능하지만 Exploris480이나 Eclipse의 경우 아직은 한계가 있습니다. 대량 시료 분석의 어려움기존의 컬럼으로 많은 시료를 분석할 때 다음과 같은 어려움이 발생합니다.긴 분석 시간컬럼의 막힘 현상특히 Vanq.. 2025. 8. 13. Québec City 여행 공유가 나온 도깨비 드라마로 유명한 퀘백 시티. 와이프의 오래전 로망이었던 퀘벡 시티를 드디어 다녀왔습니다. 운전으로만 총 13시간, 중간에 쉬면서 가니 거의 하루 종일 운전을 한것 같네요 드라마를 보지 않아서 어디가 좋은 곳인지는 몰랐지만 그냥 따라 다니면서 열심히 사진만 찍어주었습니다. 드라마에 나왔다는 빨간 문, 유명 호텔의 우체통, 김고은이 뭐 샀다는 크리스마스 가게 등등.. 이미 듣고 갔지만 그래도 몬트리올과 퀘벡 시티에서는 불어를 사용하는 도시라 신기했습니다. 영어를 전혀 모르시는 분들고 있었습니다. 2025. 8. 4. Skyline Targeted Quantitative Mass Spectrometry Course 지난 7월, 시애틀에 위치한 University of Washington에서 열린 Skyline Workshop에 참석할 기회를 가졌습니다. 그동안 Skyline의 다양한 기능을 적극적으로 활용하지는 않았습니다. DDA 기반 spectral library나 iRT 기반 분석 기능은 사용하지 않았으며, DIA 분석의 경우에도 전적으로 Spectronaut에 분석해 왔습니다. 주로 몇 개의 타겟 펩타이드를 대상으로 Synthetic peptides 기반 PRM 분석을 수행하는 데 국한되어 사용해왔습니다. 하지만 최근 Histone PTM 연구를 진행하면서 기존 분석 소프트웨어들이 가지고 있는 한계를 알게되어서, 부득이하게 Skyline을 사용하게 되었습니다. 아래는 웍샵 프로그램입니다. 사실 많은 내용.. 2025. 8. 3. 이전 1 2 3 4 ··· 92 다음
