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얼마전 Thermo사의 Field application engineer로 부터 Orbitrap Eclipse에서 분석한 raw file를 한개 받았습니다. 여러 연구소에 설치된 Orbitrap Eclipse의 장비상태를 확인할때 분석한 결과들이 있습니다. 그중에 좋은 결과를 한개 받았습니다. 동일한 MS-spec 의 조건을 사용하였고 컬럼도 동일한 규격의 컬럼을 사용하여 분석하였습니다.
- Mass spectrometry: Orbitrap Eclipse (OT-IT mode, Rapid)
- HPLC: Vanquish Neo
- Trap-column : no Trap-column
- Analytical Column: EasySpray 75µm x 50cm, 2µm C18
- Buffer A: 0.1% F.A. in H2O/ Buffer B: 80% ACN+20% F.A.
- Flow rate: 300nL/min
- Sample: 200ng HeLa standard
- LC time: 136 min
Base-Peak Chromatogram
아래는 136min LC gradient에서 실험실에서 직접 얻은 base-peak chromatogram입니다.
Comparison of Protein and Peptide #
두개의 파일을 Proteome discoverer 2.5를 이용하여 동일한 조건(Sequest+MSFragger)에서 검색하였습니다. 아래는 검출된 단백질, 펩타이드, PSM 수입니다. 큰 차이는 없지만 reference 결과보다는 조금더 많이 검출이 되었습니다. 136min LC gradient에서약5500개의단백질이검출이되었습니다. Exploris 480이나 Orbitrap Fusion에 비해서는 상당히 많은 수의 단백질과 펩타이드가 검출이 되었습니다.
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