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Orbitrap Eclipse와 FAIMS(120min LC time)를 이용하여 200ng HeLa standard에서 약 5613개의 단백질검출
Orbitrap Eclipse+FAIMS에 대한 Reference data를 만들기 위해서 100ng HeLa standard를 이용하여 몇개의 단백질이 검출되는지 확인해보았습니다. MS2는 iontrap 으로 분석하였고 임의로 몇가지 파라미터를 다르게 적용보았습니다.
- Mass spectrometry: Orbitrap Eclipse (OT-IT mode)
- HPLC: Vanquish Neo
- Trap-column : Acclaim PepPap, 75µm x 20mm, 3µm, 100A
- Analytical Column: EasySpray 75µm x 25cm, 2µm C18
- Buffer A: 0.1% F.A. in H2O/ Buffer B: 80% ACN+20% F.A.
- Flow rate: 300nL/min
- Sample: 100ng HeLa standard
- LC time: 60min
Iontrap scan rate을 rapid에서 Maximum injection time을 Auto, 25 ms, 그리고 AGC target 값도 standard값에서 약간 낮은 값인 80도 사용하였습니다. 그리고 Turbo scan rate로 사용하였습니다. 몇가지 옵션중에 Iontrap scan rate을 Turbo로 설정하고 AGC는 Standard, Maximum injection time은 Auto로 설정한것에서 제일 많이 검출되었습니다(4838개 단백질). 물론 단백질의 양이 더 많거나 더 적을 경우는 최적값은 달라질수 있습니다.
이를 이용하여 200ng HeLa를 이용하여 120min LC gradient로 분석하였습니다. 아래와 같이 단백질과 펩타이드가 각각 5613, 34244개가 검출이 되었습니다. 조금더 최적화 한후 direct injection mode로 분석하면 약 6000개 이상의 단백질이 검출되지 않을까 기대합니다.
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