"Proteome Discoverer 2.5 에서 Sequest HT에 INFERYS Rescoring 와 더불어 MSFragger node를 추가하면 더 많은 단백질과 펩타이드를 공짜로 더 검출할수 있습니다."
Human + Yeast시료를 이용하여 약 10,000개의 단백질이 검출되었습니다(이전글 참조).
C18 Spin-column 분획후 Oribtrap Eclipse로 10,000 단백질 검출하기
동일한 raw file들을 사용하여 Proteome Discover 2.5에서 MSFragger 를 추가하여 검색하였습니다. 또한 Proteome Discoverer 2.5에서 새롭게 포함된 INFERYS Rescoring node를 추가였습니다.
Sequest HT with INFERYS Rescoring + MSFragger
INFERYS Rescoring node는 펩타이드의 charge가 2에서 6 에서만 수행됩니다. 그러므로 Spectrum Properties Filter 를 추가하여 설정을 해야 합니다.
또한 펩타이드의 길이는 30 amino acids로 제한됩니다.
Increase Protein and Peptide #
아래는 검출된 단백질과 펩타이드 수를 나타내는 그래프입니다. MSFragger와 INFERYS Rescoring를 추가하여 약 1,400개의 새로운 단백질, 14696개의 새로운 펩타이드가 검출되었습니다.
MSFragger를 추가함으로 각각 832 , 11349개의 단백질과 펩타이드가 증가하였습니다. 이것으로 INFERYS Rescoring 을 통해서 539, 3347개의 단백질과 펩타이드가 증가되었음을 알수 있습니다. 두개의 node를 추가해서 상당히 많은 새로운 단백질과 펩타이드를 검출하였습니다.
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