Orbitrap Eclipse 와 FAIMS가 만나다

특별히 장비를 업그레이드를 하지 않고도 감도를 증가시킬수 방법이 있다면 좋을듯합니다.  FAIMS도 그중에 하나가 아닐까 생각합니다. 새로운 기술을 위해 Bruker사의  Ion mobility 장비를 구매하면 좋겠지만 FAIMS를 이용하면  기존의 Orbitrap 장비(e.g, Exploris 480, Orbitrap Eclipse)에서 추가적인 감도를 얻을수 있습니다. 사실 Exploris480이나 Orbitrap Eclipse는 감도가 좋아서 굳이 FAIMS를 장착하여 단백질/펩타이드의 수를 증가시킬 필요가 있을까 생각합니다. 그래서 FAIMS의 기능을 최대한 활용할수 있는 실험을  찾는것이 중요할듯 합니다. 

 

이전에 Exploris480에 부착하여 테스트한 결과가 이전글에 있습니다.

 

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FAIMS를 이용하여 선택적으로 N-linked glycopeptides 검출하는 방법

FAIMS가 장착된 Exploris 480에서 Cycle time (s), LC gradient와 CV값 에 따른 단백질 검출수

FAIMS) Orbitrap Exploris 480 FAIMS Benchmark (Data-Dependent Acquisition)

FAIMS) Orbitrap Exploris 480 FAIMS Benchmark (Data dependant Acquisition)

 

 

Orbitrap Eclipse+FAIMS

연구소에들어오기전부터 이미 FAIMS 구매를 해놓은 상태라 최대한 활용을 해야할 상황입니다. Orbitrap Eclipse의 성능을 감안하면 FAIMS의 효과가 더 좋지 않을까 생각합니다.  사실 FAIMS를 가지게 되면 기존의 논문에서 처럼 다양한 CV값을 이용하여 최적화 시키고 싶은 마음이 듭니다. 하지만 LC gradient에 따라 혹은 시료의 양에 따라 최적화 값이 다르기 때문에 모든 조건에서 사용할수 있는 최적의 방법을 찾는것은 쉽지 않을듯합니다. 대략 논문에 나와있는 값을 토대로 몇가지 테스트를 해서 사용할 예정입니다. 예상했듯이 background peak이 상당히 줄어듭니다.  대표적인 background peak 인 m/z 371 와 445 가 상당히 줄어들었습니다.

 

FAIMS를 부착하지 않고 실험한 결과와 비교하기 위해서  FAIMS 를 부착한후 100ngHeLa로 분석해보았습니다. 일단 대표적인 두 CV 값인 -40/-60V로 설정하였습니다. 

 

 

OTOT vs OTIT modes

이유는 잘 모르겠지만 OTOT mode에서 MS2 스펙트럼이 상당히 좋지 않습니다. 

 

 

FAIMS를 사용하면 전체적으로 MS1의 TIC값이 줄어들기 때문에 MS2의  파라미터를 조절해야 합니다.  여러논문에서도  FAIMS를 사용시 OTOT보다는 OTIT에서 분석을 하였습니다. 원래 OTIT  mode에서 더 많은 단백질/펩타이드를  검출하지만 FAIMS에서 그 효과가 더 차이가 나는듯합니다. 

 

Protein and Peptide # 

아래는 FAIMS를 사용하여 얻은 OTOT 와 OTIT 더불어 FAIMS 없이 분석한 OTIT 결과 입니다.  특별히 질량분석기의 파라미터를 최적화하지 않은 기본값을 사용하였습니다. 결과에서 보듯이  OTOT에 비해서 OTIT에서 보다 많은 수의 단백질/펩타이드가 검출되었습니다. 또한 특별히 최적화를 하지 않았음에도 OTIT mode의 경우 FAIMS에서 보다 많은 수가 검출되었습니다. 앞으로 최적화를 하면 더 많은 수가 검출될수 있으리라 생각합니다.

 

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