MSFragger로 QC 시료 빨리 검색하기 (8 min)

연구실에서 장비의 상태를 확인하는 방법으로 50ngHeLa standard를 사용합니다. FAIMS를 장착한 상태에서 trap column을 사용하지 않고 1hr LC gradient (OTIT)로 분석합니다. 데이타베이스 검색으로  Proteome Disocverer에서 Sequest HT와 MSPep  두개의 엔진을 사용하여 검색합니다. 보통 5,000~5,300개의 단백질/ 30,000~35,000개의 펩타이드가 검출됩니다. 특별히 장비에 문제가 없으면 검출 수에 큰 변화가 없습니다.

 

QC과정은 사실 단백질의 검출 수를 최대한 높이기 위함이 아니라 얼마나 일정하게 나오는가를 확인하는 것이 더 중요합니다. 그래서 굳이 검출 수에 연연하지 않는다면 최대한 빨리 검색되는 것이 좋다고 생각합니다.  단백질 및 펩타이드 수를 빨리 확인하후 바로 실제 분석에 들어 갈수 있습니다.

 

Proteome Discoverer를 이용하여 두개의 엔진을 사용하다 보니 시간이 꽤 걸렸습니다.  보통 1시간이상이 소요됩니다. 이러다 보니 시간이 촉박할 때는  검색하기 전에 스펙트럼만 보고 이상이 없으면 바로 분석에 들어가는 경우가 있습니다. 물론 데이타베이스 검색은 하지만 이것은 차후에 문제가 있을 때 확인하기 위함 입니다.

 

최근에 다시 MSFragger의 최신 버전을 다운받고 검색을 해보았습니다. 동일한 파일을 이용하여 검색을 해보니 약 4,500개의 단백질과 25,000개의 펩타이드가 검출이 되었습니다. PD로 검색했을 보다는 숫자가 적지만  검색시간은 단 8분 입니다. 커피한잔 마시고 오면 됩니다.

 

 

 

MSFragger 옵션에서 Calibration and optimization을 선택하게 되면 약 13분이 걸리지만 선택하지 않으면 8분정도 소요됩니다.  아무튼 이제 이 방법으로 QC 데이타를 빨리 검색하기로 하였습니다.

 

 

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MSFragger

 

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