Orbitrap Astral, Plasma Protein Analysis

2023 ASMS에서 관심을 많이 받았던것 중 하나가  Orbitrap Astral이라 생각합니다. timsTOF의 대항마가 될수 있을지 궁금합니다.  트위터를 보니 상반된 의견들이 꽤 있는듯합니다.  시간이 조금지나서 실제 결과들이 나오기를 기다려야 될것 같습니다. 

 

 

 

이전의 Orbitrap XL이 생각하게 하는 거대한 박스가 뒤에 붙어 있습니다.

 

 

 

이미지 출처: Businnesswire.com 

 

최근 발표된 논문을 보면 확실히 감도가 증가한것은 틀림없는것 같습니다.  최근에 MaCoss Lab에서 혈액시료를 이용한 논문을 발표하였습니다(논문보기) 혈액단백질에서 5,000개의 단백질을 검출하였습니다.  단일 실험으로는 가장 많은 수가 아닐까 생각합니다. 하지만 분석전에 Enrichment 과정에 포함되어있습니다.  즉 5,000개의 단백질의 검출은 순수히 Orbitrap Astral의 감도로 인한것은 아닌것 같습니다.  

 

Panorama에 등록되어있는  Raw 파일을 다운받아서 Spectronaut 18로 분석을 해보았습니다.  

 

논문의 실험에서는 Skyline을 사용하였기 때문에 단백질수가 다를수 있습니다.  그래도 Spectraonaut 18으로 분석했을때 유사한 수의 단백질이 검출이 되었습니다.  Enrichment한것에서 거의 5,000개의 단백질이 검출이되 었습니다. 

Total plasma(TP)에서 enrichment없이 약 1800개의 단백질이 검출되었습니다. 상당히 많은 숫자입니다. 

Enrichment를 수행한후 2TH 과 4TH window로 DIA를 수행했을때의 단백질과 펩타이드 수입니다. 숫자는 2TH 에서 약간 많이 검출되었습니다.

 

 

Spectronaut에서 얻어진 Data point값을 보니 대략 3 정도가 나옵니다.  정량분석으로 약간 부족한 Data point수인것 같습니다. 

 

아무튼  60 min 분석에서 약 5,000개의 혈액단백질을 검출했다는것은 대단한것 같습니다.