Global Histone PTM Analysis Platform

Histone 분석은 한마디로 어렵습니다. 이유는 논문이나 웹에서 얼마든지 찾을수 있습니다. 

 

 

최근 기존의 방법을 이용하여  분석방법을 체계화 시켰습니다.   자세한 내용은 관련 논문에 확인할수 있습니다.

 

• K.R. Karch, S. Sidoli, B.A. Garcia, Identification and Quantification of Histone PTMs Using High-Resolution Mass Spectrometry, Methods in Enzymology, Volume 574, 2016

 

• Sidoli, S., Bhanu, N. V., Karch, K. R., Wang, X., Garcia, B. A. Complete Workflow for Analysis of Histone Post-translational Modifications Using Bottom-up Mass Spectrometry: From Histone Extraction to Data Analysis. J. Vis. Exp. (111), e54112, doi:10.3791/54112 (2016)

 

• Yuan ZF, Sidoli S, Marchione DM, Simithy J, Janssen KA, Szurgot MR, Garcia BA. EpiProfile 2.0: A Computational Platform for Processing Epi-Proteomics Mass Spectrometry Data. J Proteome Res. 2018 Jul 6;17(7):2533-2541. doi: 10.1021/acs.jproteome.8b00133. Epub 2018 May 30. PMID: 29790754; PMCID: PMC6387837.

 

이 방법으로 약 200개의 서로 다른 acetylation, mono-, di- tri-methylation로 조합된 peptides 를 검출하고 상대적인 정량분석이 가능합니다.   이 플랫폼에서 가장중요한 것은  Propionylation derivertization, Data-Independant Acquistion (DIA), 그리고 EpiProfile 프로그램입니다. 

 

 

 

 EpiProfile 프로그램으로 분석이 마치면 아래와 같이 각 시료별에서 검출된 각각의 Isobaric peptide에 대해서 상대적인 정량값이 계산됩니다.

 

이 데이터를 이용하여 추가적인 bioinformatics분석을 할 수 있습니다.

 

 

이 플랫폼으로 다양한 연구에 적용할 예정입니다.