Orbitrap Eclipse와 Exploris480 활용 (with FAIMS)

• Orbitrap Eclipse 와 Exploris480 장비를 보유하고 있습니다. 이 두 장비로 대부분의 프로테오믹스 연구를 지원하고 있습니다.  두 대의 장비가 공통적으로 가지고 있는 기능이 있지만  Eclipse에서만 가능한 기능들이 있습니다.
•  다양한 실험을 두 대의 장비를 혼용하여 사용할수 있지만 그래도 뭔가 규칙이 필요하게 되었습니다.  이것은 연구원들이 새로운 실험을 진행하기전 장비를 선택할때 도움을 줄수 있습니다.
• 두대의 장비를 사용하면서 배운것은 
  FAIMS는 Eclipse의 OTIT  mode에서 가능 높은 감도를 가집니다.  Exploris480은 FAIMS가 굳이 필요없는 실험에 주로 사용합니다.
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그래서 아래와 같이 대략의 가이드라인을 정했습니다.

Orbitrap Eclipse OTIT+FAIMS
단순한 시료의 단백질 동정 (Gel-band, Pull-down후 interactome Profiling, PTM 분석).

 -PTM분석의  경우 OTOT 분석을 해야 신뢰도가 높은 MS2를 얻을수 있습니다. 하지만 acetylation과 methylation과 같은 PTM의 경우는  OTIT mode에서도 잘 검출될수 있습니다. OTIT의 높은 감도로 인해  아주 낮은 피크도 검출할수 있다는것입니다. 물론 MS2의 quality가 좋지 않을수 있습니다. 그래도 일단 검출이 되기만 하면 차후 PRM등으로 차후 재 검증을 할수있습니다.  OTOT에서 아예 검출이 안되는것보다는 낫겠지요

Orbitrap Eclipse OTOT+FAIMS
-Data-independent Acquisition(DIA)를 이용한 Global Proteome Quantitation (120min Gradient)
-Data-independent Acquisition(DIA)를 이용한 Global Phosphoproteome Quantitation (120min Gradient)


Exploris480(OTOT)+noFAIMS
PRM 과 global histone PTM(DIA) 분석.

-이 두 분석의 경우 FAIMS로 조건을 찾는것이 번거롭습니다. 

물론 Orbitrap Eclipse의 사용이 어려운 상황에서는  Exploris480으로 대체할수 있습니다.