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Pull-down후 SDS-PAGE로 분리한후 특정 단백질의 검출여부를 확인하고자 분석하였습니다. 타겟 단백질의 위치에 해당하는 band를 절단하여 분석하였습니다. 당연히 해당 단백질이 아주 잘 검출될것이라고 예상했습니다.
하지만, 30 min LC gradient로 무려 1,700개의 단백질이 검출이 되었습니다. 물론 해당 단백질도 검출이 되었지만 아주 상위에 속하지는 않았습니다.
시료를 탓해야 될지 Eclipse+FAIMS의 높은 감도를 탓해야 될지 모르겠네요.
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